Практикум 11
Для выполнения практикума я выбрала домен коннексин (сonnexin) . Его характеристики представлены в таблице:
| Информация | |
|---|---|
| AC pfam | PF00029 |
| ID pfam | Connexin |
| #SEED | 167 |
| #All | 21k |
| #SW | 111 |
| #architectures | 100 |
| #3D | 84 |
| Taxonomy | |
| #eukaryota | 21108 |
| #archaea | 0 |
| #bacteria | 0 |
Коннексины — это трансмембранные белки, которые образуют щелевые контакты у позвоночных. Каждый щелевой контакт состоит из двух половинок — коннексинов.
Один коннексин находится в мембране одной клетки, второй — в мембране соседней. Когда они соединяются, образуется сквозной канал.Каждый полуканал состоит из шести субъединиц коннексина.
Коннексины в составе щелевых контактов выполняют важные функции:
- участвуют в скоординированной деполяризации сердечной мышцы
- отвечают за правильное эмбриональное развитие
- необходимы для проводимости в мелких сосудах и капиллярах (микроциркуляторное русло)
Коннексины также выполняют функции, не связанные с образованием каналов, и участвуют в работе цитоскелета и миграции клеток.
Как было сказано ранее, коннексины - это трансмембранные белки позвоночных животных, поэтому этот домен полностью отсутсвует у архей и бактерий.
После анализа 3D-структур белков было выявлено, что в их составе преобладают альфа-спирали.
Выравнивание белковых доменов (seed)
| Информация | |
|---|---|
| Выравнивание seed | Число колонок - 330 Число последовательностей - 167 |
| Максимальный достоверный блок, включающие ВСЕ последовательности (МДБ-all) |
Номера колонок: 295-303 |
| 100% консервативные колонки в МДБ-all | 32:R, 55:C, 62:C, 242:Y, 295:C, 302:E, 303:K |
| Максимальный достоверный блок, включающий НЕ ВСЕ последовательности. (МДБ-notAll) |
Последовательности: 1-56, Колонки - 16-44 |
| 100% консервативные колонки в МДБ-notAll | 32:R, 55:C, 62:C, 242:Y, 295:C, 302:E, 303:K |
| Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков, и потому маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции. |
152-169 |
Карта локального сходства (dotplot)
| Информация | |
|---|---|
| Доменная архитектура | PF00029 |
| Белок с архитектурой 1 | P08033 |
| Доменная архитектура 2 | PF00029 - PF03509 |
| Белок с архитектурой 2 | Q8K4Q9 |
На карте локального сходства видны 4 кусочка выравнивания, между которыми находятся небольшие разрывы, вызванные вставками/делециями. Разрывы соответсвуют инделям в выравнивании.