Практикум 2

Задание 1. Модели структур ДНК

С помощью программы fiber пакета 3DNA были постороены модели A-, B-, Z-формы дуплекса ДНК, последовательность одной из нитей которого представляет собой 5 раз повторенную последовательность "GATC".

Cсылки на соответсвующие файлы: A-форма ДНК, В-форма ДНК, Z-форма ДНК

Задание 2. Анализ форм ДНК

В B-форме ДНК визуально были определены большая и малая бороздки. В качестве азотистого основания был выбран тимин, для которого было определено, какие атомы основания обращены в сторону большой бороздки, а какие в сторону малой. С помощью PyMol было получено изображение тимина, где красным цветом выделены атомы, смотрящие в сторону большой бороздки, а синим - в сторону малой.

Номер выбранного нуклеотида - T7

В сторону большой бороздки обращены атомы: C7, C5, C6, C4, O4.

В сторону малой бороздки обращены атомы: N3, C2, O2, N1.

Параметр	А-форма	В-форма	Z-форма
Тип спирали	Правая	Правая	Левая
Шаг спирали (Å)	28.0	33.8	42.3
Число оснований на виток	11	10	12
Ширина большой бороздки (Å)	17.0 (A:A18-B:A26)	17.9 (A:C4-B:G33)	18.3 (A:C2-B:C20)
Ширина малой бороздки (Å)	8.0 (A:C12-B:T23)	11.7 (A:T7-B:A38)	8.7 (A:G7-B:G23)

Таблица 1. Параметры A-, B- и Z-форм ДНК

Задание 3. Определение параметров структур тРНК

Для анализа была выбрана структура 1G59. Необходимые данные были получены при помощи следующего конвеера:

find_pair -t 1G59_old.pdb stdout | analyze

Предварительно файл был переведен в старый формат при помощи команды:

! remediator --old ''1G59.pdb'' > ''1G59_old.pdb

В результате был получен интересующий нас файл: 1G59_old.out

Номера нуклеотидов, образующих стебли (stems) во вторичной структуре B-цепи заданной тРНК: (501-507 и 572-566), (549-553 и 565-561), (538-544 и 532-526), (510-513 и 525-522).

Неканонические пары оснований: 502G-571U, 555U-517G, 538A-532C, 544A-526G, 513U-522G, 514A-521A, 502G-571U.

Дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру: 554U-558A,555U-517G, 508U-546A, 515G-548C.