ПРАКТИКУМ 11

Гомология и выравнивание

Мной был выбран белковый домен с ID: ATP-synt_ab (AC: PF00006)
Проект Jalview

Таблица 11-3	Информация	Комментарии
Выравнивание seed	370 последовательностей; 731 колонка
МДБ-all	участок 1-14	В связи с большим количеством последовательностей в выравнивнаие найти достоверный блок для всех последовательностей не удалось, поэтому мной был указан блок 1-14, который почти является достоверным. В первой колонке 5 последовательностей имеют аминокилоты отличающиеся от глицина, а именно треонин, лизин, аргинин и серин. Еще одним блоком сходным с достоверным является 729-731, однако он содержит менее 4-х колонок и колонка 729 не абсолютно функционально консервативна
100% консервативные колонки в МДБ-all	14:G
МДБ-notAll	Послед-ти 1-143; колонки 565-624
100% консервативные колонки в МДБ-notAll	565:[KR]; 591:[AGS]; 602:[VAC]; 607:D; 624:[GL]	Почти консервативные: 568:[VILM] (142 из 143); 569:[VL] (141 из 143); 580:[RK] (140 из 143); 592:E (139 из 143); 594:[FYW] (142 из 143); 599:G (138 из 143); 608:S (139 из 143); 610:[TS] (142 из 143); 611:R (139 из 143); 617:R (139 из 143)
Блоки не отражающие ход эволюции	654-675	Данный участок богат гэпами и мало консервативен. Для подтверждения отсутсвия сходства последовательности были сгрупированы, и в каждой группе оказалось по одной последовательности