ПРАКТИКУМ 12

Белковые домены

AC: PF00006
Name: ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain
Seed: 370
All: 248 261
SW: 2408
Architectures: 689
Доменная архитектура у данных белков может сильно отличаться, самым консерватиным вариантом, выбранного мною, домена PF00006 является участок, расположенный в позициях 150 - 370, у меньшего количетва белков, домен может сдвигаться, встречается даже дупликация этого домена и транслокация с другими доменами. В добавок к nucleotide-binding domain в АТФсинтазе могут быть другие домены в количестве от 1 до 7, самыми распространеными являются beta-barrel domain, C-terminal domain
3D: 562
Альфа и бета субъединицы чередуясь формируют гескамер, который включает 3 каталитических и 3 некаталитических сайта. Каталитический отвечает за связывание нуколеотидов и либо синтез АТФ, либо его гидролиз. Некаталитические сайты же имеют большую роль в регуляции активности белка. Отдельная субъединица состоит в основном из альфа-спиралей, также присутвует большое количество петлей, бета-лист, и бета-бочка, расположенная сверху, ее структуре соответсвует beta-barrel domain

Taxonomy:

Карта локального сходства двух белков

Для потсроения карты локального сходства мной были выбраны два разных белка, содержащие общий домен ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain, рассматриваемый выше.

Таблица 11-5	Информация
Доменная архитектура 1	PF02874 - PF00006 - PF22919
Координаты доменов 1	(23-95) - (152-372) - (378-458)
Белок с архитектурой 1	P00826
Доменная архитектура 2	PF02874 - PF00006 - PF00006 - PF22919
Координаты доменов 2	(4-76) - (133-229) - (300-353) - (359-439)
Белок с архитектурой 2	Q9TLL3

Если рассмотреть карту локального сходства(рис. 1), а также информацию о доменах, приведенную на сайте Interpro, можно сделать вывод, что последовательности имеют большое сходство. Главным различием является замена примерно 70 аминокислот в домене PF00006. Однако размеры и границы всех доменов приблизительно одинаковые, что связано с высокой консервативностью АТФсинтазы. Возможно различия в nucleotide-binding domain можно объяснить тем, что белок с архитектурой 2 относиться к V-type ATP synthase, а она в отличие от других типов используется в основном не для синтеза АТФ, а для подкисления и поддержания постоянства внутреней среды, осуществляемой за счет гидролиза АТФ. Ослабление связи нуклеотидов, в частности АДФ, в некаталитических сайтах будет ослаблять АДФ-ингибирование, что в свою очередь будет повышать эффективность гидролиза АТФ. Могу предположить, что в связи с этим и произошли изменения в nucleotide-binding domain.
Рис. 1. Карта локального сходства белков P00826 и Q9TLL3