Сравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК

Построение структур

Были сгенерированы A-, B- и Z- ДНК, состаящие из 5 кратного повторение нуклеотидной последовательности GATC. Работа проводилась с помощью программы fiber, пакета 3DNA

ДНК а-форма, ДНК b-форма, ДНК z-форма

Сравнение структур ДНК

В данном задании мной было произведено сравнение А-ДНК, сгенерированной программой fiber, и структуры, полученной экспериментальным путем (pdb_id = 3v9d).

Рис. 1. Сравнение сгенерированной и экспериментальной ДНК.

На изображении хорошо заметно, что в отличие от сгенерированной структуры, экспирементальная имеет более кривой сахаро-фосфатный остов, а также большая и малая бороздка несколько отличается шириной.

Большая и малая бороздка

Рис.2. Всторону большой бороздки, обращены красные атомы, в сторону малой - синие

Рис. 3. Цитозин

В сторону большой бороздки направлены: С1.С4, C1.C5, C1.C6, C1.N4
В сторону малой бороздки направлены: C1.C2, C1.O2, C1.N1,
где С1 - номер выбранного азотистого основания

Таблица 1. Сравнение нескольких форм ДНК.

Форма	A-форма	В-форма	Z-форма
Тип спирали	правая	правая	левая
Шаг спирали(Å)	28	33	43.5
Число оснований на виток	11	10	12
Ширина большой бороздки	16.8 (A/G5 - B/A38)	17.2 (A/T11 - B/T27)	23.5 (A/C8 - B/C28)
Ширина малой бороздки	8 (A/A10 - B/G25)	11.7 (A/T15 - B/A30)	8.7 (A/G7 - B/G39)

Работа с тРНК

Мной была рассмотрена тРНК с pdb кодом 1F7U

тРНК обладает четырьмя стеблями, в моем случае эти стебли имеют координаты: (1-7 и 72-66), (10-13 и 25-22), (39-44 и 31-26) и (49-53 и 65-61).
Неканонические пары оснований:в данной тРНК вего их 9 штук: (1P - 71A), (5U - 68G), (54T - 58A), (55P - 17G), (43A - 27P), (44A - 26G), (13C - 22C), (14A - 8U), (15A - 48U).
Водородные связи, стабилизирующие третичную структуру: (54T - 58A), (55P - 17G), (14A - 8U), (15A - 48U), (18G - 56C).