Контакт в структуре белка 1XCO.

1. Гидрофобные взаимодействия в белке 1XCO.

При помощи команды select within(5.0, Phe203:A) and hydrophobic выделяем все молекулы, которые находятся на расстоянии 5 Ангстрем от Фенилаланина и гидрофобно с ним взаимодействуют.

2. Водородные связи.

И донором и акцептором является кислород

В моем белке нет связей, где донором и акцептором является азот, поэтому я рассмотрела белок 1VZY.

Скачать скрипт можно здесь

Дисульфидные мостики.

В моем белке нет дисульфидных мостиков, поэтому для исследования дисульфидных мостиков я взяла инсулин(1ZNI.pdb)

Скачать скрипт можно здесь

Описание контатов молекул белкап с лигандом UVW401.

Имя атома контакта	Имя контактирующего атома белка	Расстояние в &Ating;	Предположительная природа контакта
O3P 14718 (O3P атом ацетилфосфата)	NH2 685 (амино группа аргина88 цепи А )	2,31	водородная связь
OP 14717 (O2 атом ацетилфосфата)	NH1 684 (аминогруппа аргина88 цепи А )	3,25	водородная связь
O1P 14716 (O1P атом ацетилфосфата)	OD1 2249 (O аспарагина 296 цепи А )	4.16	водородная связь
O1 14712 (O1 атом ацетилфосфата)	CD 22449 (Cδ лизина141 цепи А )	3,58	Гидрофобное взаимодействие
С1M 14713 (C1M атом ацетилфосфата)	CB 1081 (Cβ лизина141 цепи А )	3,18	Гидрофобное взаимодействие

• Лиганд представлен в виде толстой проволочной модели, а контактирующие с ними атомы елка - в шариковой модели, атомы раскрашены по химическим элементам.



• К предыдущему изображению добавлены концы контактирующих с лигандом молекул в проволочной модели.