Работа с программой RasMol

Шариковая модель PTAS_BACSU:


Пространственная структура PTAS_BACSU (PDB ID 1 XCO):

Заголовок структуры:TRANSFERASE
Название структуры:CRYSTAL STRUCTURE OF A PHOSPHOTRANSACETYLASE FROM BACILLUS SUBTILIS IN COMPLEX WITH ACETYLPHOSPHATE
В документе представлены следующие цепы макромолекул:
Идентификатор цепи Число остатков Название молекул
A 329 PHOSPHATE ACETYLTRANSFERASE
B 329 PHOSPHATE ACETYLTRANSFERASE
C 329 PHOSPHATE ACETYLTRANSFERASE
D 329 PHOSPHATE ACETYLTRANSFERASE
E 329 PHOSPHATE ACETYLTRANSFERASE
F 329 PHOSPHATE ACETYLTRANSFERASE


В документе представлены следующие низкомолекулярные вещества:
ID Название Формула Число молекул Русское название
SO4 SULFATE ION O4 S 2- 3 Сульфат ион
UVW ACETYLPHOSPHATE C2 H5 O5 P 23 Ацетилфосфат
HOH - H2 O 102 вода

Можно заметить, что в каждой цепи не хватает по 6 остатков. Проверим поле REMARK:
MISSING RESIDUES
THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE EXPERIMENT.
(M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.)
M RES C SSSEQI
GLYA-5
GLYA-4
GLYA-3
GLYA-2
GLYA-1
GLYB-5
GLYB-4
GLYB-3
GLYB-2
GLYB-1
GLYC-5
GLYC-4
GLYC-3
GLYC-2
GLYC-1
GLYC0
GLYD-5
GLYD-4
GLYD-3
GLYD-2
GLYE-5
GLYE-4
GLYE-3
GLYE-2
GLYE-1
GLYF-5
GLYF-4
GLYF-3
GLYF-2
GLYF-1
GLYF0

Определение, их каких молекул состоит белок 1XCO.

1. Вся структура в шариковой модели:

2. Структура белка 1XCO в остовной модели:

3. Структура белка 1XCO ленточной модели:

4. Изображение всех компонентов структуры:

Цепь А - красная, В - синяя, С - желтая, D - розовая, E - фиолетовая, F - зеленая, многоатомный лиганд - ацетилфосфат и ДНК представдены в шарнирной модели серым цветом, молекулы воды - цвета морской молны.
5. Изображение концевых остатков у полипептидной цепи А:

Аминокислотыне остатки глицин0 и лейцин 323 представлены в шарнирной модели синим цветом.

Аминогруппа глицина представлена синим цветом, атомы кислорода карбоксильной группы лейцина - светло-зеденым.
Файл со скриптом можно скачатьздесь.


© Butusova Anna, 2012