Работа с программой RasMol
Шариковая модель PTAS_BACSU:

Пространственная структура PTAS_BACSU (PDB ID 1 XCO):
Заголовок структуры:TRANSFERASE
Название структуры:CRYSTAL STRUCTURE OF A PHOSPHOTRANSACETYLASE FROM BACILLUS SUBTILIS IN COMPLEX WITH ACETYLPHOSPHATE
В документе представлены следующие цепы макромолекул:
Идентификатор цепи |
Число остатков |
Название молекул |
A |
329 |
PHOSPHATE ACETYLTRANSFERASE |
B |
329 |
PHOSPHATE ACETYLTRANSFERASE |
C |
329 |
PHOSPHATE ACETYLTRANSFERASE |
D |
329 |
PHOSPHATE ACETYLTRANSFERASE |
E |
329 |
PHOSPHATE ACETYLTRANSFERASE |
F |
329 |
PHOSPHATE ACETYLTRANSFERASE |
В документе представлены следующие низкомолекулярные вещества:
ID |
Название |
Формула |
Число молекул |
Русское название |
SO4 |
SULFATE ION |
O4 S 2- |
3 |
Сульфат ион |
UVW |
ACETYLPHOSPHATE |
C2 H5 O5 P |
23 |
Ацетилфосфат |
HOH |
- |
H2 O |
102 |
вода |
Можно заметить, что в каждой цепи не хватает по 6 остатков. Проверим поле REMARK:
MISSING RESIDUES
THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE EXPERIMENT.
(M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.)
M | RES | C | SSSEQI |
| GLY | A | -5 |
| GLY | A | -4 |
| GLY | A | -3 |
| GLY | A | -2 |
| GLY | A | -1 |
| GLY | B | -5 |
| GLY | B | -4 |
| GLY | B | -3 |
| GLY | B | -2 |
| GLY | B | -1 |
| GLY | C | -5 |
| GLY | C | -4 |
| GLY | C | -3 |
| GLY | C | -2 |
| GLY | C | -1 |
| GLY | C | 0 |
| GLY | D | -5 |
| GLY | D | -4 |
| GLY | D | -3 |
| GLY | D | -2 |
| GLY | E | -5 |
| GLY | E | -4 |
| GLY | E | -3 |
| GLY | E | -2 |
| GLY | E | -1 |
| GLY | F | -5 |
| GLY | F | -4 |
| GLY | F | -3 |
| GLY | F | -2 |
| GLY | F | -1 |
| GLY | F | 0 |
Определение, их каких молекул состоит белок 1XCO.
1. Вся структура в шариковой модели:

2. Структура белка 1XCO в остовной модели:

3. Структура белка 1XCO ленточной модели:

4. Изображение всех компонентов структуры:

Цепь А - красная, В - синяя, С - желтая, D - розовая, E - фиолетовая, F - зеленая, многоатомный лиганд - ацетилфосфат и ДНК представдены в шарнирной модели серым цветом, молекулы воды - цвета морской молны.
5. Изображение концевых остатков у полипептидной цепи А:

Аминокислотыне остатки глицин0 и лейцин 323 представлены в шарнирной модели синим цветом.

Аминогруппа глицина представлена синим цветом, атомы кислорода карбоксильной группы лейцина - светло-зеденым.
Файл со скриптом можно скачатьздесь.
© Butusova Anna, 2012