Выравнивание последовательностей

1. Построение выравнивания фрагментов последовательностей двух родственных белков.

• Пара коротких последовательностей скопированы в файл shortseqs.fasta
  С помощью программы GeneDoc выравняли две последовательности и сохранили выравнивание в файле alignment1.msf.
  


• Процент идентичности двух последовательностей:
  Если общее число колонок выравнивания равно 23, а число колонок в одинаковыми буквами - 14, то процент инедтичности будет равен (14/23)*100%=60,87%.


• Процент сходства двух последовательностей(задание выполняется при помощи таблицы BLOSUM62):
  Если обшее количество колонок выранивания равно 23, число колонок с одинаковыми буквами - 14, число колонок с буквами, обозначающими сходные остатки(V и I) - 1, то процент сходства двух данных последовательностей равен ((14+1)/23)*100%=65,23%.

2. Построение катры локального сходства последовательностей.

В результате построения карты локального сходства последовательностей мы получили табличку:

1. ПСТР - перенос нужного количества символов из указанной ячейки, начиная с нужного символа.
2. СОВПАД - сравниевает значения в ячейках и возвращает значение ИСТИНА/ЛОЖЬ.
3. ЕСЛИ - записывает значение истины(в нашел случае 1), если выполяется условие (совпадение значений в ячейках)

3. Выравнивание первого фрагмента из задания 1 с последовательностью аминокислотный остатков белка PTAS_BACSU с помощью программы bl2seq.

C помощью программы bl2seq можно посторить частичные выравнивания для одинаковых или очень сходных посдедовательностей.
Для построения выравнивания перехоим на сайт NCBI BLAST. Далее по ссылке Align(внизу страницы в списке Specialized BLAST 9 сверху). После этого заходим в вкладку blastp, предназначенную для выравнивания белковых последовательностей. В этой вкладке в окно Enter Query Sequence вставляем последовательность белка PTAS_BACSU в fasta формате, а в окно Enter Subject Sequence последовательность из задания 1. Нажимаем кнопку BLAST и получаем нужное нам выравнивание:

>lcl|14079 unnamed protein product
Length=21

 Score = 47.4 bits (111),  Expect = 6e-13, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 21/21 (100%), Positives = 21/21 (100%), Gaps = 0/21 (0%)

Query  160  EQYVFADCAINIAPDSQDLAE  180
            EQYVFADCAINIAPDSQDLAE
Sbjct  1    EQYVFADCAINIAPDSQDLAE  21

4. Выравнивание последовательности белка PTAS_BACSU с последовательностью гомологичного белка PTA_STAAW с помощью bl2seq.

Чтобы выровнять последовательности сначала найдем в базе данных UniProt голомологичный белок PTA_STAAW.
Впишем как в предыдущем задании в окна последовательности в fasta формате и получим результат:

>lcl|62221 sp|Q8NXW4|PTAS_STAAW Phosphate acetyltransferase OS=Staphylococcus 
aureus (strain MW2) GN=pta PE=3 SV=1
Length=328

 Score =  436 bits (1121),  Expect = 1e-157, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 214/327 (65%), Positives = 268/327 (82%), Gaps = 4/327 (1%)

Query  1    MADLFSTVQEKVAGKDVKIVFPEGLDERILEAVSKLAGNKVLNPIVIGNENEIQAKAKEL  60
            MADL + +++K++GK+VKIV PEG DER+L A ++L     + PIV+G+E ++Q+ A++L
Sbjct  1    MADLLNVLKDKLSGKNVKIVLPEGEDERVLTAATQLQATDYVTPIVLGDETKVQSLAQKL  60

Query  61   NLTLGGVKIYDPHTYEGMEDLVQAFVERRKGKATEEQARKALLDENYFGTMLVYKGLADG  120
            +L +  +++ +P T E   +LVQ+FVERRKGKATEEQA++ L + NYFGTMLVY G ADG
Sbjct  61   DLDISNIELINPATSELKAELVQSFVERRKGKATEEQAQELLNNVNYFGTMLVYAGKADG  120

Query  121  LVSGAAHSTADTVRPALQIIKTKEGVKKTSGVFIMARGEEQYVFADCAINIAPDSQDLAE  180
            LVSGAAHST DTVRPALQIIKTK GV +TSG+F M +G+ QY+F DCAIN   DSQ LAE
Sbjct  121  LVSGAAHSTGDTVRPALQIIKTKPGVSRTSGIFFMIKGDVQYIFGDCAINPELDSQGLAE  180

Query  181  IAIESANTAKMFDIEPRVAMLSFSTKGSAKSDETEKVADAVKIAKEKAPELTL----DGE  236
            IA+ESA +A  F ++P+VAMLSFSTKGSAKSD+  KV +AVK+A++KA E  L    DGE
Sbjct  181  IAVESAKSALSFGMDPKVAMLSFSTKGSAKSDDVTKVQEAVKLAQQKAEEEKLEAIIDGE  240

Query  237  FQFDAAFVPSVAEKKAPDSEIKGDANVFVFPSLEAGNIGYKIAQRLGNFEAVGPILQGLN  296
            FQFDAA VP VAEKKAP ++++GDANVFVFPSLEAGNIGYKIAQRLG ++AVGP+LQGLN
Sbjct  241  FQFDAAIVPGVAEKKAPGAKLQGDANVFVFPSLEAGNIGYKIAQRLGGYDAVGPVLQGLN  300

Query  297  MPVNDLSRGCNAEDVYNLALITAAQAL  323
             PVNDLSRGC+ EDVYNL++ITAAQAL
Sbjct  301  SPVNDLSRGCSIEDVYNLSIITAAQAL  327