Множественные выравнивания.
1. Выравнивание набора гомологов белк PTAS_BACSU.
a. Используем программу BLAST на NCBI для поиска гомологов.
Для поиска гомологов в банке Swiss-Prot я задала параметры:
- E-value < 0.001
- Поиск только по таксону Basteria
- Процент идентичности от 40% до 80%
Ограниченный данными параметрами поиск выдал 53 результата, их которых 35 белков имееют процент идентичности от 40% до 80%. Из этого множества белков я выбрала 9 белков, список которых сохранен в myproteins.list
sw:ptas_staan
sw:ptas_corgl
sw:pta_desvh
sw:ptas_cloth
sw:ptas_thetc
sw:ptas_helpj
sw:pta_myctu
sw:eutd_salty
sw:eutd_ecoli
Для получения последовательностей гомологичных белков в fasta-формате введем команду: seqret @myproteins.list myproteins.fasta. Результатом является файл myproteins.fasta.
b. Построение множественного выравнивания белка PTAS_BACSU и его найденных гомологов.
С помощью программы Jalview строит множественное выравнивание отобранных нами последовательноей. Для выравнвания выберем программу Clustral и покрасим по BLOSUM62:
Для увеличения нажмите на картинку.
c. Описание структуры выравнивания.
- В данном выравнивании присутствуют участки с повышенной долей консервативных позиций:
- в координатах выравнивания: 396-400, 409-410, 486-488, 549-552, 582-588, 663-664, 663-664, 666-667, 683-685, 690-695; а так же присутствуют одиночные консервативные столбцы: 405,407,413,425,448,460,470,490,492,495,497,503,,563,606,708.
- в координатах белка PTAS_BACSU:18-22, 31-32, 108-110, 165-168, 197-203, 274-275, 277-278, 294-296,301-306.
- По виду выравнивания можно предположить, что участки 1-375 и 717-727 в координатах выравнивания не имеют биологического смысла.
d. Группы сходных аминокислот, образующих в моем выравнивании функционально консервативные позиции.
2. Программа Muscle.
Получаем файл с последовательностями малых δ-антигенов в формате fasta из банка Swiss-Prot, используя SRS. В поле Taxonomy вводим Deltavirus, Description - delta&small. Результатом данного поиска является файл delta.fasta, содержащий 17 последовательностей.
Выравнивам последовательность с помощью программы muscle, выполняя команду: muscle -in delta.fasta -out delta_aligned.fasta, получаем файл delta_aligned.fasta
В программе Jalview открываем выравнивание delta_aligned.fasta и выполняем покраску по BLOSUM62 c порогом консервативности 50. Сохраняем выравнивание с покраской в файле delta.msf
© Butusova Anna,2012
