Паттерны и банк Prosite.

1. Создание паттернов по множественному выравниванию и поиск по паттернам в банке Swiss-Prot.

Рассмотрим в JalView множественное выравнивание, полученное в течение прошлого занятия. Выбираем фрагмент, состоящий из 623-642 остатков в координатах выравнивания (покрашен в сообтветствие с таблицей BLOSUM62):

Проводим поиск последовательностей банка Swiss-Prot, включающих мотивы, соответствующие каждома из полученных патернов, на сате PROSITE

Результаты поиска по паттернам в банке данных Swiss-Prot

Характеристика паттерна Паттерн Во скольких последовательностях банка Swiss-Prot найдет мотив, удослетворяющий паттерну? Все ли последовательности из вашего выравнивания найдены?

Фрагмент последовательности LDGEFQFDAAFVPSVAEKKA 1 Найдена только последовательность белка PTAS_BACSU

Сильный паттерн [LIV]-[DE]-G-[EP]-[FIL]-Q-[FYVL]-D-A-[AS]-[FIVL]-[VDE]-[PMK]-[SGDE]-V-A-[ERK]-[KTSLQ]-K-[AML] 14 7: PTAS_BACSU,PTAS_CLOTH,PTAS_HELPJ,PTAS_STAAN,PTAS_CORGL,PTAS_THETC,PTAS_DESVH.⁽¹⁾

Слабый паттерн G-[EP]-X-Q-X-D-A-[ASG]-X-[VDE]-[PMK]-x-V-A-[ERK]⁽²⁾ 14 7: PTAS_BACSU,PTAS_CLOTH,PTAS_HELPJ,PTAS_STAAN,PTAS_CORGL,PTAS_THETC,PTAS_DESVH.⁽¹⁾

⁽¹⁾Также были найдены 5 белков вида PAS_STAA*(*:={C,M,R,S,W}), которые выполняют ту же фунцию, что и PRAS_STAAN, но разница между этими белками заключается в том, что они найдены в разных штаммов Staphylococcus aureus; и 2 белка вида PTAS_STAE* (*:={Q,S}), найденные в Staphylococcus epidermidis )
⁽²⁾Данный паттерн самый слабый, хотя он выдает такой же результат, что и сильный паттерн. Этот паттерн образован удалением с обеих концов по 2 позиции (так как в промежуточном варианте третья с конца позиция была заменена на X, я её я тоже убрала), в третьей,пятой,седьмой,десятой и двенадцатой позитциях введена возможность любого аминокислотного остатка, и добавлен остаток G.
2. Поиск всех мотивов в белке PTAS_BACSU по данным базы данных Prosite.
Открываем страничку PROSITE. Вводим в окошко ID белка PTAS_BACSU, нажимаем Quick Scan. Чтобы на вывод подавались "неспецифичные" мотивы, нужно убрать галочку с чекбокса Exclude pattens with a high probability of occurrence.

Все описанные в PROSITE мотивы в белке PTAS_BACSU.

Идентификатор документа в Prosite (AC) Название мотива Краткое описание мотива Тип подписи (паттерн, профиль) Паттерн Специфична ли подпись? Сколько мотивов нашлось в белке?

PS00006 CK2_PHOSPHO_SITE Сайт фосфорилирования казеин киназы II Паттерн [ST]-x(2)-[DE] Неспецифична 3

PS00001 ASN_GLYCOSYLATION Сайт N-гликозилирования Паттерн N-{P}-[ST]-{P} Неспецифична 1

PS00007 TYR_PHOSPHO_SITE Сайт фосфорилирования тирозин киназы Паттерн [RK]-x(2)-[DE]-x(3)-Y или
[RK]-x(3)-[DE]-x(2)-Y Неспецифична 2

PS00008 MYRISTYL Сайт N-миристоилирования Паттерн G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P} Неспецифична 6

PS00005 PKC_PHOSPHO_SITE Сайт фосфорилирования протеин киназы C Паттерн [ST]-x-[RK] Неспецифична 5

PS00004 CAMP_PHOSPHO_SITE Сайт фосфорилирования cAMP- и cGMP- зависимой протеин киназы Паттерн [RK](2)-x-[ST] Неспецифична 1

Характеристика паттерна	Паттерн	Во скольких последовательностях банка Swiss-Prot найдет мотив, удослетворяющий паттерну?	Все ли последовательности из вашего выравнивания найдены?
Фрагмент последовательности	LDGEFQFDAAFVPSVAEKKA	1	Найдена только последовательность белка PTAS_BACSU
Сильный паттерн	[LIV]-[DE]-G-[EP]-[FIL]-Q-[FYVL]-D-A-[AS]-[FIVL]-[VDE]-[PMK]-[SGDE]-V-A-[ERK]-[KTSLQ]-K-[AML]	14	7: PTAS_BACSU,PTAS_CLOTH,PTAS_HELPJ,PTAS_STAAN,PTAS_CORGL,PTAS_THETC,PTAS_DESVH.⁽¹⁾
Слабый паттерн	G-[EP]-X-Q-X-D-A-[ASG]-X-[VDE]-[PMK]-x-V-A-[ERK]⁽²⁾	14	7: PTAS_BACSU,PTAS_CLOTH,PTAS_HELPJ,PTAS_STAAN,PTAS_CORGL,PTAS_THETC,PTAS_DESVH.⁽¹⁾

Идентификатор документа в Prosite (AC)	Название мотива	Краткое описание мотива	Тип подписи (паттерн, профиль)	Паттерн	Специфична ли подпись?	Сколько мотивов нашлось в белке?
PS00006	CK2_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования казеин киназы II	Паттерн	[ST]-x(2)-[DE]	Неспецифична	3
PS00001	ASN_GLYCOSYLATION	Сайт N-гликозилирования	Паттерн	N-{P}-[ST]-{P}	Неспецифична	1
PS00007	TYR_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования тирозин киназы	Паттерн	[RK]-x(2)-[DE]-x(3)-Y или [RK]-x(3)-[DE]-x(2)-Y	Неспецифична	2
PS00008	MYRISTYL	Сайт N-миристоилирования	Паттерн	G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P}	Неспецифична	6
PS00005	PKC_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования протеин киназы C	Паттерн	[ST]-x-[RK]	Неспецифична	5
PS00004	CAMP_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования cAMP- и cGMP- зависимой протеин киназы	Паттерн	[RK](2)-x-[ST]	Неспецифична	1