PSI BLAST

Интрактивный поиск программой PSI BLAST

Для проведения интрактивного поиса в программе PSI BLAST нужно зайти на сайт http://blast.ncbi.nlm.nih.gov. Устанавливаем поиск по Swiss-Prot программой PSI-BLAST, изменяем значение параметра "Max target sequences " с 500 на 5000 и проводим до пяти итераций, пока появляются новые последовательности выше порога на E-value 0,005.
Проводим поиск по последовательностям белков с AC P18196, P0A832, P17265, P39646 и заполняем таблицу:

ID белка	AC белка	Число итераций	Для первой итерации			Для последней итерации
			Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога
MINC_ECOLI	P18196	5	165	0.004	0.005	995	7e-04	0,023
SSRP_ECOLI	P0A832	2	514	3e-12	4.9	514	3e-38	0.42
Y380_RHIME	P17265	3	15	7e-04	0.027	24	8e-19	0.002
PTAS_BACSU	P39646	4	53	0.002	0.075	511	2e-13	0.017

Теперь рассморим каждый случай более подробно:

1. MINC_ECOLI:
   • С каждой итнерацией число находок увеличивается: первая - 165, вторая - 190, третья - 204, четвертая - 453, пятая - 995.
   • Разрыв между значениями E-value лучшей находки ниже порога и худшей находки выше порога увеличивается от первой ко второй интерации (от 0.005-0.004 до 0.066-0.005). Однако на третьей итерации уменьшается (0.006-0.004); на пятой же интерации разрыв снова возрастает (0.023 - 7е-04).
   • E-value последовательности белка MINC_ECOLI (лучшей находки) увеличивается от первой итерации (8e-171) до второй (1e-117), третьей (1e-100), четвертой (6e-97) и пятой (1e-83) итерации.
   • Проследим E-value "средней" находки, а именно, последовательности белка A8FFT6: от первой итерации (0.003) ко второй (7e-28), третьей (1e-37), четвертой (4e-43)уменьшается и в пятой итерацией (4e-35) увеличивается.
   После пятой итерации список не стабилизировался, поэтому провела поиск снова, изменив порог с 0,005 на 0,001. Теперь список стабилизировался на второй интерации. На первой итерации 157 находок выше порога (у худшой из которых E-value равно 0.001). У лучшей находки ниже порога значение 0.001. На второй итерации 188 находок выше порога (у худшой из которых E-value равно 8e-08). У лучшей находки ниже порога значение 0.003. На третьей итерации число находок выше порога не изменилось (у худшой из которых E-value равно 4e-12). У лучшей находки ниже порога значение 0.001.



2. SSRP_ECOLI:
   • Число находок не изменяется - 514.
   • Разрыв между значениями E-value лучшей находки ниже порога и худшей находки выше порога изменяется от 4.9 — 3e-12 до 0.42 — 3e-38.
   • E-value последовательности SSRP_ECOLY (лучшей находки) увеличивается: в первой итерации (3e-17) белок находится на первой позиции, однако после второй итерации (2e-47) белок перемещается на вторую позицию.
   • E-value "средней" находки (A5FEB8) уменьшается : первая (9e-16), вторая (6e-50).
   После выполнения двух итераций список стабилизировался. На второй итерации не было найдено новых последовательностей выше заданного порога.



3. Y380_RHIME:
   • В течение всех итераций число находок увеличилось: первая(15), вторая(24), третья(24)
   • Разрыв между значениями E-value лучшей находки ниже порога и худшей находки выше порога увеличивается от первой интерации (0.027 - 7e-24) к второй (0.011 - 5e-09), третьей (0.012 - 0.002) и четвертой интерации (0.027 - 3e-18).
   • E-value последовательности белка Y380_RHIME (лучшей находки) увеличивается от превой итерации (7e-141) к второй (1e-77), третьей (2e-75) и четвертой итерации (1e-17).
   • E-value "средней" находки(P47995) уменьшается: первая (4e-04), вторая (1e-60), третья (8e-67), четвертая (9e-66).
   После выполнения четырех итераций список стабилизировался. На четвертой итерации не было найдено новых последовательностей выше заданного порога.



4. PTAS_BACSU:
   • С каждой итерацией число находок : первая (53), вторая (195), третья (511), четвертая ().
   • Разрыв между значениями E-value лучшей находки ниже порога и худшей находки выше порога от первой итерациии (0.075 - 0.002) к второй (0.005-0.005), третьей (0.010 - 2e-04) и четвертой итерации (0.017 - 2e-13) увеличивается.
   • E-value последовательности белка PTAS_BACSU (лучшей находки) : первая(0.0), вторая(3e-151) уменьшается; третья(1e-118), четвертая(6e-101) увеличивается.
   • E-value "средней" находки (P58255) : первая(7e-08), вторая(2e-74) уменьшается; третья(1e-62), четвертая(5e-51) увеличивается.
   После выполнения четырех итераций список стабилизировался. На четвертой итерации не было найдено новых последовательностей выше заданного порога.