PubMed - поисковая система. База данных Medline.

1. Регистрация на сайте NCBI.

Для регистрации заходим на главную страницу PubMed. Выбираем в правом верхнем углу ссылку Sign In. Далее следуем по ссылке Register for an account и заполняем поля для регистрации.

Составление запросов и сохраниение подходящих страниц в коллекции.

Результаты моих поисков представлены в таблице:
Запрос Query translation Translations All Free full text Reviews
Phosphoserin "phosphoserine"[MeSH Terms] OR "phosphoserine"[All Fields] phosphoserine
"phosphoserine"[MeSH Terms] OR "phosphoserine"[All Fields]
4498 1891 134
phosphoserin and histone ("phosphoserine"[MeSH Terms] OR "phosphoserine"[All Fields]) AND ("histones"[MeSH Terms] OR "histones"[All Fields] OR "histone"[All Fields]) histone "histones"[MeSH Terms] OR "histones"[All Fields] OR "histone"[All Fields]

phosphoserine "phosphoserine"[MeSH Terms] OR "phosphoserine"[All Fields]
214 114 2
phosphoserine and histone and cell and human ("phosphoserine"[MeSH Terms] OR "phosphoserine"[All Fields]) AND ("histones"[MeSH Terms] OR "histones"[All Fields] OR "histone"[All Fields]) AND ("cells"[MeSH Terms] OR "cells"[All Fields] OR "cell"[All Fields]) AND ("humans"[MeSH Terms] OR "humans"[All Fields] OR "human"[All Fields]) phosphoserine"phosphoserine"[MeSH Terms] OR "phosphoserine"[All Fields]

histone "histones"[MeSH Terms] OR "histones"[All Fields] OR "histone"[All Fields]

cell "cells"[MeSH Terms] OR "cells"[All Fields] OR "cell"[All Fields]

human "humans"[MeSH Terms] OR "humans"[All Fields] OR "human"[All Fields]
98 61 2
phosphoserine and histone and h4 and cell ("phosphoserine"[MeSH Terms] OR "phosphoserine"[All Fields]) AND ("histones"[MeSH Terms] OR "histones"[All Fields] OR "histone"[All Fields]) AND H4[All Fields] AND ("cells"[MeSH Terms] OR "cells"[All Fields] OR "cell"[All Fields]) phosphoserine "phosphoserine"[MeSH Terms] OR "phosphoserine"[All Fields]

histone "histones"[MeSH Terms] OR "histones"[All Fields] OR "histone"[All Fields]

cell "cells"[MeSH Terms] OR "cells"[All Fields] OR "cell"[All Fields]
10 4 0
phosphoserine and histone and h4 and human ("phosphoserine"[MeSH Terms] OR "phosphoserine"[All Fields]) AND ("histones"[MeSH Terms] OR "histones"[All Fields] OR "histone"[All Fields]) AND H4[All Fields] AND ("humans"[MeSH Terms] OR "humans"[All Fields] OR "human"[All Fields]) phosphoserine "phosphoserine"[MeSH Terms] OR "phosphoserine"[All Fields]

human "humans"[MeSH Terms] OR "humans"[All Fields] OR "human"[All Fields]
6 4 0
phosphoserine and histone and h4 and cell and human ("phosphoserine"[MeSH Terms] OR "phosphoserine"[All Fields]) AND ("histones"[MeSH Terms] OR "histones"[All Fields] OR "histone"[All Fields]) AND H4[All Fields] AND ("cells"[MeSH Terms] OR "cells"[All Fields] OR "cell"[All Fields]) AND ("humans"[MeSH Terms] OR "humans"[All Fields] OR "human"[All Fields]) phosphoserine "phosphoserine"[MeSH Terms] OR "phosphoserine"[All Fields]

cell "cells"[MeSH Terms] OR "cells"[All Fields] OR "cell"[All Fields]

human "humans"[MeSH Terms] OR "humans"[All Fields] OR "human"[All Fields]
5 3 0
e Phoshoserin[ti] - 292 64 5
phosphoserine[ti] AND histone[ti] phosphoserin[ti] and histone[ti] - 5 0 0
phosphoserine[ti] and histone phosphoserine[ti] AND ("histones"[MeSH Terms] OR "histones"[All Fields] OR "histone"[All Fields]) histone "histones"[MeSH Terms] OR "histones"[All Fields] OR "histone"[All Fields] 8 1 0
phosphoserine[tiab] and histone[tiab] phosphoserine[tiab] AND histone[tiab] - 71 31 1
phosphoserine[ti] and histone[tiab] phosphoserine[ti] AND ("histones"[MeSH Terms] OR "histones"[All Fields] OR "histone"[All Fields]) AND ("cells"[MeSH Terms] OR "cells"[All Fields] OR "cell"[All Fields]) AND ("humans"[MeSH Terms] OR "humans"[All Fields] OR "human"[All Fields]) histone "histones"[MeSH Terms] OR "histones"[All Fields] OR "histone"[All Fields]

cell "cells"[MeSH Terms] OR "cells"[All Fields] OR "cell"[All Fields]

human "humans"[MeSH Terms] OR "humans"[All Fields] OR "human"[All Fields]
7 1 0
phosphoserine[tiab] and histone and cell and human (Phosphoserine[tiab] AND ("histones"[MeSH Terms] OR "histones"[All Fields] OR "histone"[All Fields]) AND ("cells"[MeSH Terms] OR "cells"[All Fields] OR "cell"[All Fields]) AND ("humans"[MeSH Terms] OR "humans"[All Fields] OR "human"[All Fields]) histone "histones"[MeSH Terms] OR "histones"[All Fields] OR "histone"[All Fields]

cell "cells"[MeSH Terms] OR "cells"[All Fields] OR "cell"[All Fields]

human "humans"[MeSH Terms] OR "humans"[All Fields] OR "human"[All Fields]
33 17 1
phosphoserine[tiab] and histone[tiab] and cell and human phosphoserine[tiab] AND histone[tiab] AND ("cells"[MeSH Terms] OR "cells"[All Fields] OR "cell"[All Fields]) AND ("humans"[MeSH Terms] OR "humans"[All Fields] OR "human"[All Fields]) cell "cells"[MeSH Terms] OR "cells"[All Fields] OR "cell"[All Fields]

human "humans"[MeSH Terms] OR "humans"[All Fields] OR "human"[All Fields]
26 12 1

2*. Дополнение к поиску в задании 2.

Так как информации, найденной было недостаточно, то я выполнила поиск в Google с запросом phosphorylation of histone h4 serine 1.
Данный поиск выдал примерно 63800 результатов. Наиболее понравившиеся результаты представлены ниже:


3. Создание коллекции публикаций доступной для проверки.

Заходим в коллекции и меняем в столбце Settings/Sharing запись Private на Public. В результате получается коллекция phosphoserine_histone_h4

  1. Описание статьи Phosphorylation of histone H4 serine 1 during DNA damage requires casein kinase II in S. cerevisiae.

    Название:
    у Saccharomyces cerevisiae при повреждении ДНК фосфорилирование гистона H4 серин1 нуждается в казеин киназе II.

    Описание:
    Отдельные паттерны пострансляционных мутаций гистона могут регулировать процессы связанные с ДНК матрицей, например: митоз, трансляцию, репликацию, апоптоз и повреждение ДНК. Это предположение основано на "коде гистонов", присутствующего во всех вышеописанных ядерных процессах. Фосфорилирование гистона H2A S129 на сайтах парных разрывов двутяжевой ДНК (DNA double-strand breaks) применили для устранения повреждений в клетках дрожжей. Здесь также приведено описание другого фосфорилирования - ф. серина 1 (S1) гистона Н4; этот процесс также связан с MMS - стимулированные флеомецином ( я хз чо это) парные разрывы двутяжевой ДНК, но не с повреждением ДНК УФ излучением. Исследования иммунопреципитации хроматина (ChIP) на НО-эндонуклеазно индуцированной колонии показали, что фосфорилирование S1 наиболее усиленно c 20 по 25 складку в нуклеосомах ближайших к DSB. Кроме того, мы показали, что казиен киназа (CK2) может фосфорилировать H4 S1 in vitro, и что обычные или чувствительные к температуре CK2 мутированные дрожжевые клетки непригодны для индуцирования H4 S1 фосфорилирования на поврежденных ДНК in vivo. В заключение можно сказать, что H4 S1 фосфорилирование и СК2 играют роль в DSB реорганизации, что было зарегистрировано путем соединения негомологичных концов (NHEJ) анализируемых плазмид. СК2 был задействован в регуляции чувствительности ДНК повреждений; Исходя из полученных данных можно предположить, что гистон H4 S1 является их физиологическим субстратом. Наши данные предполагают, что такая модификация является частью "кода гистонов", который ответственен за устранения повреждений в ДНК.

    Цитата:
    Distinct patterns of posttranslational histone modifications can regulate DNA-templated events such as mitosis, transcription, replication, apoptosis, and DNA damage, suggesting the presence of a "histone code" in these nuclear processes. Phosphorylation of histone H2A S129 at sites of DNA double-strand breaks (DSBs) has been implicated in damage repair in yeast. Here, we describe another phosphorylation event on serine 1 (S1) of histone H4; this event is also associated with MMS- or phleomycin-induced DSBs but not with UV-induced DNA damage. Chromatin-immunoprecipitation (ChIP) studies of an HO-endonuclease-inducible strain show that S1 phosphorylation is specifically enhanced 20- to 25-fold in nucleosomes proximal to the DSB. In addition, we show that casein kinase II (CK2) can phosphorylate H4 S1 in vitro and that null or temperature-sensitive CK2 yeast mutants are defective for induction of H4 S1 phosphorylation upon DNA damage in vivo. Furthermore, H4 S1 phosphorylation and CK2 play a role in DSB re-joining as indicated by a nonhomologous end-joining (NHEJ) plasmid assay. CK2 has been implicated in regulating a DNA-damage response; our data suggest that histone H4 S1 is one of its physiological substrates. These data suggest that this modification is a part of the DNA-repair histone code.

  2. Описание статьи The enhancement of histone H4 and H2A serine 1 phosphorylation during mitosis and S-phase is evolutionarily conserved.

    Название:
    Повышение уровня фосфолирирования гистонов H4 и H2A серина 1 во время митоза в S-фазе эволюцтонно сохраняется.

    Описание:
    Фосфорилирование гистонов уже давно ассоциируется с конденсированным митотическим хроматином, однако функциональные роли этих изменений до сих пор не поняты. Гистоны H1 и H3 полностью фосфорилируются с конца G2 в течение телофазы во многих организмов, и отвечают за конденсацию хроматина и разделение сестринских хроматид. Тем не менее, мутационный анализ в дрожжах и биохимические эксперименты с вытяжками из Xenopus показали, что фосфорилирование H1 и H3 не является необходимым для таких процессов. Мы исследовали дополнительные процессы фосфорилирования гистонов, которые могут иметь дублирующие функции фосфорилирования H1 и H3 во время митоза. Были разработаны антитела к H4 и Н2А, фосфорилированных по остаткам, соответствующим серину 1, и обнаружено, что H4S1/H2AS1 высоко фосфорилируется в митотическом хроматине червей, мух, и млекопитающих. При митозе фосфорилирование H4/H2A схоже по срокам и локализации с фосфорилированием H3 и тесно коррелируется с конденсацией хроматина в течение митоза. Мы также обнаружили более низкий уровень фосфорилирования H4/H2A при 5-бром-2-дезоксиуридине-положительном в клетках S-фазы, что подтверждает более ранние исследования, показывающие фосфорилирование H4S1 на вновь синтезированных гистонах во время S-фазы. Эволюционно консервативные фосфорилирование H4/H2A во время клеточного цикла показывает, что они могут иметь двойное значение в конденсации хроматина в митозе и осаждение гистонов в S-фазе.

    Цитата:
    Histone phosphorylation has long been associated with condensed mitotic chromatin; however, the functional roles of these modifications are not yet understood. Histones H1 and H3 are highly phosphorylated from late G2 through telophase in many organisms, and have been implicated in chromatin condensation and sister chromatid segregation. However, mutational analyses in yeast and biochemical experiments with Xenopus extracts have demonstrated that phosphorylation of H1 and H3 is not essential for such processes. In this study, we investigated additional histone phosphorylation events that may have redundant functions to H1 and H3 phosphorylation during mitosis. We developed an antibody to H4 and H2A that are phosphorylated at their respective serine 1 (S1) residues and found that H4S1/H2AS1 are highly phosphorylated in the mitotic chromatin of worm, fly, and mammals. Mitotic H4/H2A phosphorylation has similar timing and localization as H3 phosphorylation, and closely correlates with the chromatin condensation events during mitosis. We also detected a lower level of H4/H2A phosphorylation in 5-bromo-2-deoxyuridine-positive S-phase cells, which corroborates earlier studies that identified H4S1 phosphorylation on newly synthesized histones during S-phase. The evolutionarily conserved phosphorylation of H4/H2A during the cell cycle suggests that they may have a dual purpose in chromatin condensation during mitosis and histone deposition during S-phase.


  3. Общие сведения о гистоне H4.

    Гистоны - белки, образующие комплекс, связывающийся с ДНК и участвующий в сворачивании ДНК - фолдинге и регуляции экспрессии.
    Гистон H4 состоит из 102 аминокислот, богат аргинином и глицином: лизина 11%, аргинина 14%, молекулярный вес: 11282 Да. Так же общую структуру H4 можно представить как три центральные α-спирали, образующие фолд домен, и свободные концевые участки, подвергаемые разлиячным модификациям. Исследуемый гистон содержится в геномах Сахаромицетов (дрожжи), морского ежа (S.purpuratus), тритона (N.viridescens), курица и человека.


    © Butusova Anna,2012