Поисковые системы
1. Нахождение с помощью SRS белка в банке SwissProt и описание не менее трех "особенностей" (features) в его аминокислотной последовательности.
С помошью SRS - Sequence Retrieval System найдем данный нам белок в банке SwissProt.
- Это главная страница, выбираем Labrary page.
Из представленных баз данных в поле UniProt Universal Protein Resourse выбираем UniPRotKB/Swiss-Prot.
В колонке Search Options слева выбираем Standart Query Form.
В поле Fields you can search выбираем ID и в поле Your search terms - ptas_bacsu(ID моего белка) и нажимаем на Search.
В поиске находится только мой белок (что не удивительно), нажимаем на ссылку ( UniProtKB/Swiss-Prot:PTAS_BACSU), ведущую к информации о белке.
Это страница моего белка, чтобы увилеть особенности белка нажимаем на ссылкy Features либо просто спускаемся вниз по странице, пока не найдем нужный пункт.
Это пункт, содержащий информацию о особенностях моего белка, для описания особенностей я взяла первый поворот, шестую α-спираль и двенадцатый β-тяж. Для перехода к информации о структуре нажимаем на ссылку.
- Первый поворот образован аминокислотными остатками с 56 по 61: глутаминовой кислотой (E), лейцином (L) и аспарагином (N).
Шестая α-спираль образована аминокислотными остатками с 105 по 114: глутаминовой кислотой (E), аспарагином (N), тирозином (Y), фенилаланином (F), глицином (G), треонином (Е), метионином (M), лейцином (L), валином (V) и тирозином (Y).
Двенадцатый β-тяж образован аминокислотными остатками с 286 по 297: глутаминовой кислотой (E), аланином (А), валином (V), глицином (G), пролином (P), изолейцином (I), лейцином (L), глутамином (Q), лейцином (L), глицином (G), аспарагином (N) и метиононом (M).
2.Описание всех записей банка трехмерных структур PDB, относящихся к моему белку.
На странице находок слева находится колонка, содержащая пункт Link to related informatoin, в этом пункте нажимаем на ссылку Link и переходим на страницу, содержащую список баз данных.
Чтобы найти базу данных Pdb, сожержащую информацию о трехмерных структурах, нужно найти пункт Protein fynction, structure and interaction databases. В этом пункте находим подпункт Protein structure databases, именно здесь и находится нужная нам базаданный PDB. Для запуска поиска по этой базе данных нажимаем Search.
На этой странице представлена вся информация, найденная в базе данных PDB по нашему запросу. Отмечаем PDB:1TD9 и PDB:1XCO и нажимаем Save.
Для сохраниния в нужном нам формате выбираем в поле Output to пункт File(text), Number or entries to download - 10, так как откликов на наш запрос было всего 2, и в поле Save as выбираем PDBShortVIew.
В итоге получаем файл - ptas_bacsu_files_from_pdb.txt.
3.Таблица встеречаемости в SwissProt белков из Firmicutes , имеющих функцию, сходную с функцией белка ptas_bacsu из Bacillus subtilis.
| Формулировка функции белка | Строка запроса | Количество найденных документов
|
|---|
| acetyltransferase | ([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & [swissprot-Description:acetyltransferase*]) | 258
|
| acetyltransferase | (([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & [swissprot-Description:acetyltransferase*]) & [swissprot-Description:fragment*]) | 3
|
| acetyltransferase | ([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & ([swissprot-Description:acetyltransferase*] ! [swissprot-Description:fragment*])) | 255
|
| Phospate acetyltranferase | (([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & [swissprot-Description:acetyltransferase*]) & [swissprot-Description:phosphate*]) | 12
|
4. Сохранение полноразмерных последовательностей найденных белков в fasta формате.
Из последнего запроса ([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & ([swissprot-Description:acetyltransferase*] & [swissprot-Description:phosphate*])) выберем первые 7 белков и последние 3 белка в списке. И сохраним файл ptas_proteins.fasta.
5. Сохранения списка последовательностей из задания 4 , в котором указаны ID, AС последовательностей , организм (Species), название белка (Description) и длина последовательностей.
В разделе Create a view выбираем поля: ID, Accession Number, Description, Species, Sequence Length. Отметим те же последовательности, что и в 4 задании. Получим файл ptas_ID_proteins.xls.
© Butusova Anna,2012
