Банк данных UniProt

1. Извлечение из банка UniProt документа, сожержащего информацию о белке PTAS_BCASU.

C помошью команды entret sw:ptas_bacsu > ~/Term2/Block1/Practices/Pr2/ptas_bacsu.entret записываем информацию о белке PTAS_BACSU из банка данных в файл ptas_bacsu.entret

2.Таблица.

Метка поля Содержание

Код(ы) доступа ("Accession number") AC P39646;

Идентификатор записи в БД ID PTAS_BACSU Reviewed; 323 AA.

Название (краткое описание) белка DE RecName: Full=Phosphate acetyltransferase; EC=2.3.1.8; AltName: Full=Phosphotransacetylase; AltName: Full=Vegetative protein 43; Short=VEG43;

Дата создания документа DT 01-FEB-1995, integrated into UniProtKB/Swiss-Prot.

Дата последнего исправления аннотации DT 25-JAN-2012, entry version 92.

Число публикаций, использованных при создании документа RN 3

Журнал и год самой поздней публикации RL Electrophoresis 18:1451-1463(1997).

Ключевые слова KW 3D-structure; Acyltransferase; Complete proteome; Cytoplasm; Direct protein sequencing; Reference proteome; Transferase.

Что содержит поле комментариев? CC -!- CATALYTIC ACTIVITY: Acetyl-CoA + phosphate = CoA + acetylphosphate. -!- PATHWAY: Metabolic intermediate biosynthesis; acetyl-CoA biosynthesis; acetyl-CoA from acetate: step 2/2. -!- SUBCELLULAR LOCATION: Cytoplasm (Potential). -!- SIMILARITY: Belongs to the phosphate acetyltransferase and butyryltransferase family. ----------------------------------------------------------------------- Copyrighted by the UniProt Consortium, see http://www.uniprot.org/terms Distributed under the Creative Commons Attribution-NoDerivs License -----------------------------------------------------------------------

Идентификаторы записей PDB DR PDB; 1TD9; X-ray; 2.75 A; A/B/C/D/E/F=2-322.
PDB; 1XCO; X-ray; 2.85 A; A/B/C/D/E/F=2-322.

3.Вопросы о белке.

1) В какой части бактериальной клетки локализован Ваш белок? На какой участок вашего белка Вы бы стали воздействовать,чтобы помешать его правильной локализации в клетке?
В строчке СС содержится пункт SUBCELLULAR LOCATION: Cytoplasm (Potential)., который включает в себя информацию о локализации белка в бактериальной клетке. В этом пункте написано, что данный мне белок находится в цитоплазме, значит белок гидрофилен. Следовательно, чтобы помешать правильной локализации белка в клетке прикрепить к нему большой гидрофодный остаток.

4.Определение, сколько белков в UniProt имеют тот же код белка или примерно то же описание (DE), что и мой белок.

Команда/Запрос Число записей в Swiss Prot Число записей в TrEMBL

infoseq sw:ptas_* -only -description -noheading | wc --line 26 -

name:"phosphate acetyltransferase" AND name:"Phosphotransacetylase;" "ec=2.3.1.8" 46 947

name:"phosphate acetyltransferase" AND name:"Phosphotransacetylase;" 46 966

"phosphate acetyltransferase" 61 3,414

"Phosphotransacetylase" 57 1,544

"Phosphotransacetylase" "Phosphate acetyltransferase" "2.3.1.8" 46 1,031

	Метка поля	Содержание
Код(ы) доступа ("Accession number")	AC	P39646;
Идентификатор записи в БД	ID	PTAS_BACSU Reviewed; 323 AA.
Название (краткое описание) белка	DE	RecName: Full=Phosphate acetyltransferase; EC=2.3.1.8; AltName: Full=Phosphotransacetylase; AltName: Full=Vegetative protein 43; Short=VEG43;
Дата создания документа	DT	01-FEB-1995, integrated into UniProtKB/Swiss-Prot.
Дата последнего исправления аннотации	DT	25-JAN-2012, entry version 92.
Число публикаций, использованных при создании документа	RN	3
Журнал и год самой поздней публикации	RL	Electrophoresis 18:1451-1463(1997).
Ключевые слова	KW	3D-structure; Acyltransferase; Complete proteome; Cytoplasm; Direct protein sequencing; Reference proteome; Transferase.
Что содержит поле комментариев?	CC	-!- CATALYTIC ACTIVITY: Acetyl-CoA + phosphate = CoA + acetylphosphate. -!- PATHWAY: Metabolic intermediate biosynthesis; acetyl-CoA biosynthesis; acetyl-CoA from acetate: step 2/2. -!- SUBCELLULAR LOCATION: Cytoplasm (Potential). -!- SIMILARITY: Belongs to the phosphate acetyltransferase and butyryltransferase family. ----------------------------------------------------------------------- Copyrighted by the UniProt Consortium, see http://www.uniprot.org/terms Distributed under the Creative Commons Attribution-NoDerivs License -----------------------------------------------------------------------
Идентификаторы записей PDB	DR	PDB; 1TD9; X-ray; 2.75 A; A/B/C/D/E/F=2-322. PDB; 1XCO; X-ray; 2.85 A; A/B/C/D/E/F=2-322.

Команда/Запрос	Число записей в Swiss Prot	Число записей в TrEMBL
infoseq sw:ptas_* -only -description -noheading \| wc --line	26	-
name:"phosphate acetyltransferase" AND name:"Phosphotransacetylase;" "ec=2.3.1.8"	46	947
name:"phosphate acetyltransferase" AND name:"Phosphotransacetylase;"	46	966
"phosphate acetyltransferase"	61	3,414
"Phosphotransacetylase"	57	1,544
"Phosphotransacetylase" "Phosphate acetyltransferase" "2.3.1.8"	46	1,031