Самостоятельная работа.

Задан неаннотированный фрагмент генома бактерии Ornithinibacillus scapharcae (штамм TW25).
Задача: определить, где в данном фрагменте закодированы белки, похожие на известные белки родственной бактерии (сенной палочки)

1. • Командой seqret sw:*_bacsu создан файл с полным протеомом сенной палочки из базы данных Swiss-Prot.
   • Сделан индексный файл для поиска программы пакет BLAST по этому протеому командой: makeblastdb -in prot_bacsu -dbtype prot -out bac
   • Был вырезан неаннотированный фрагмент из исходного генома бактерии Ornithinibacillus scapharcae (штамм TW25) длиной 7000 нуклеотидов (42001-49001) командой: seqret embl:aewh01000012 -sask в файл aewh01000012.fasta
2. Извлекаю из фрагмента 42001-49001 генома трансляции всех открытых рамках считывания длиной не менее 240 нуклеотидов, со стандартным для бактерии генетическим кодом и считать открытой рамкой последовательность, начинающуюся со старт-кодона и заканчивающуюся стоп-кодоном, с помощью команды: getorf -sequence aewh01000012.fasta -minsize 240 -find 1 -table 11 -outseq bact.orf в файл bact.orf
3. • Производится поиск рамок считывания из выбранного фрагмента по протеому бактерии с помощью программы BLASTP (задан E-value 0,001), которая производит поиск по аминокислотной последовательности в протеоме: blastp -query bact.orf -db bac -out result.fasta -evalue 0.001 -outfmt 7
   • Создаю книгу Excel, включающую информацию обо всех открытых рамках считывания фрагмента 42001-49000 генома. Для кадой рамки указано начало фрагмента, напраление, число сходных последовательностей, найденных программой BLAST в протеоме B. subtilis при условии E-value<0,001.

4. Номер рамки	Количество находок	идентификатор самого близкого из найденных белков	E-value
   >AEWH01000012_3	8	BBMA_BACSU (ген yvdF)	1e-162
   >AEWH01000012_4	1	BBMA_BACSU (ген yvdF)	5e-09
   >AEWH01000012_6	2	MDXE_BACSU (ген yvdG)	7e-136
   >AEWH01000012_7	10	MDXF_BACSU (ген yvdH)	2e-164
   >AEWH01000012_8	8	MDXG_BACSU (ген yvdI)	8e-122
   >AEWH01000012_9	1	MALA_BACSU (ген yvdJ)	5e-10

5. 5' ----------------------------------------------------------------------------------------------[=>3: yvdF, 4576-6381]---------------------------------- 3'
   3'-[<=9: yvdJ, 3-716]--[<=8: yvdI, 729-1580]--[<=7: yvdH, 1586-2887]--[<=6: yvdG, 2961-4226]--------------------------------------[<=4: yvdF, 6454-6963]- 5'

6. • Чтобы сравнить взаимное расположение предполагаемых генов данного фрагмента и гомологичных генов, представленных в таблице из задания 4, в геноме сенной палочки, нужно сначала найти соотвствующие, кодирующие гены в записи EMBL,содержащей последовательность генома сенной палочки. Далее я построила схожую схему, как в задании 5.

   • 3'---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 5'
     5'-[=>: yvdJ, 3551479-3552363]--[=>: yvdI, 3552369-3553205][=>:yvdH, 3553206-3554513]--[=>:yvdG , 3554553-3555806]------------------------------------ 3'

   Порядок расположения генов оказался схожим на порядок у Ornithinibacillus scapharcae, однако я не нашла ген, кодирующий белок BBMA_BACSU.

   ---

   © Anna Butusova,2012