Банк EMBL.

1. Знакомство со структурой банка EMBL посредством поисковой системы SRS.

a. Текущая версия (113) имеет 82772678 записей, проиндексированных 18-сентября-2012.

The various classes of data in the EMBL databanks are represented by three letter codes. A summary of all the codes is shown below:

CON: Constructed sequence
EST: Expressed Sequence Tag
GRV: Genome Reviews
GSS: Genome Survey Sequence (34528104)
HTC: High Throughput cDNA sequencing (491770)
HTG: High Throughput Genome sequencing (152599)
MGA: Mass Genome Annotation
PAT: Patent (24364832)
SET: Project set (EMBL WGS Masters only)
STD: Standard (13920617)
STS: Sequence Tagged Site (1322570)
TSA: Transcriptome Shotgun Assembly (7992186)
WGS: Whole Genome Shotgun
 

• Пробы из окружающей среды (7762556)
• Грибы (2402829)
• Человек (11304977)
• Беспозвоночные (7398340)
• Другие млекопитающие(6741732)
• Домовая мышь (5163724)
• Бактериофаги (8503)
• Растения (20284404)
• Прокариоты (1639517)
• Грызуны (1313761)
• Синтетические (4045013)
• Трансгенные (285306)
• Неклассифицированные (8617170)
• Вирусы (1358516)
• Другие позвоночные (4446330)

2. Описание гена в записи банка EMBL.

• Направление прямое.
• 7 кодирующих участков.
• Длина первого кодиркющего участка - 73, последнего - 44.
• Длина первого интрона - 128, последнего -106.

3. Нахождение белка по фрагменту гена.

a) В данном мне гене 2 самых длинных кодирующих участка по 276 нуклеотидов : 587712..5879887 и 588560..588835. Был выбран участок 588560..588835. С помощи программы seqret, чтобы вырезать этот участок:
seqret -sbegin 588560 -send 588835
Reads and writes (returns) sequences
Input (gapped) sequence(s): embl:BA000025
output sequence(s) [BA000025.fasta]:

b) Переходим на сайт BLAST. Проходим по ссылке на программу blastx(поиск белка в базе, используя в запросе транслирующую нуклеотидную последовательность). В окне Enter Query Sequence вводим последовательность из файла с вырезанной последовательностью, а в окне Database выбираем UniProtKB/Swiss-Prot(swissprot) и нажимаем кнопку BLAST.
Результатом является множество белков, 100% идентичность соответствует белку P30480, данным мне экзоном кодируется участок 208-298 аа. Участок, кодируемый экзоном, является IgC_MHC_I_alpha3 регионом. Белок является HLA class I histocompatibility antigen,B-42 alpha chain.

4. Ссылки из записи банка Swiss-Prot на записи банка EMBL

Таблица. Записи EMBL, в которых описан ген белка PTAS_BACSU.