Реконструкция деревьев по нуклеотидным последовательностям. Анализ деревьев, содержащих паралоги

1. Построение дерева по нуклеотидным последовательностям

   Организм	Мнемоника	AC в EMBL	Координаты	Последовательность(+/-)
   Finegoldia magna	FINM2	AP008971	611796..613319	+
   Clostridium botulinum	CLOB1	CP000726	63040..63541	+
   Geobacillus kaustophilus	GEOKA	BA000043	10421..11973	+
   Enterococcus faecalis	ENTFA	AE016830	248466..29987	+
   Lactobacillus acidophilus	LACAC	CP000033	59255..60826	+
   Lactococcus lactis	LACLM	AM406671	511423..512971	+
   Streptococcus pneumoniae	STRPN	CP001845*	15355..16888	+

   *Данный AC был найдет не в fasta-файле соответствущего белка, а просто по названию организма. Так как в ссылках на EMBL из fasta-файла не были описаны участки 16S rRNA.
   Получили файл с последовательностями для всех бактерий, выполнили выравнивание с помощью muscle на kodomo.
   Открыли данное выравнивание в MEGA и построили дерево методом "Maximum Likehood":
   
   Как и предыдущие (постороенные в других заданиях) деревья данное дерево не отличается от правильного.

2. Построение и анализ дерева, содержащего паралоги

   • С помощью программ makeblastdb и blastp были найдены 26 гомологов clpx_bacsu.
   • С помощью комадны muscle выровняли последовательности и выравнивание импортировали в MEGA, посторили дерево методом "UPGMA":