Реконструкция филогенетических деревьев

1. Название	Мнемоника	Таксоны
   Clostridium botulinum	CLOB1	cellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium
   Enterococcus faecalis	ENTFA	cellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Enterococcaceae; Enterococcus
   Finegoldia magna	FINM2	cellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiales incertae sedis; Clostridiales Family XI. Incertae Sedis; Finegoldia
   Geobacillus kaustophilus	GEOKA	cellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Geobacillus
   Lactobacillus acidophilus	LACAC	cellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Lactobacillaceae; Lactobacillus
   Lactococcus lactis	LACLM	cellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Lactococcus
   Streptococcus pneumoniae	STRPN	cellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Streptococcus

   
   
2. Из списка функций белков был выбран Фактор высвобождения пептидной связи RF1. Последовательности белков были получены из Swiss-Prot с помощью команды: seqret sw:rf1_название, помещенные в один файл. Данный файл был импортирован в JalView → Web Service → Muscle with Defaults - получили выравнивание, покрашенное по BLOSUM62.
   Ниже приведено изображение в "блочной" форме (Format → Wrap блоками по 100 остатков с раскраской по проценту идентичности.
   В рабочей директории (Term4/Block1/Practice2) сохранен проект JalView и выравнивание в fasta-формате.
3. Были найдены 11 диагностический позиции для Bacilli, 15 для Lactobacillales и 3 позиции для Carnobacteiaceae(данный таксон не указан в таксономическом сервисе NCBI, однако он содержит указанные там Enterococcaceae и Streptococcaceae).
   Ниже представлено изображение, содержащее выравнивание( Muscle with Defaults) и покрашенное по BLOSUM62, где диагностические позиции Bacilli - синие, Lactobacillales - зеленые, Carnobacteiaceae - желтые.
   
4. Реконструируем филогенетическое дерево методами, доступными в JalView:
   
   • Average Distance Using % Identity
     
     Данное дерево полностью совпадает с правильным деревом.
   • Neighbour Joining Using % Identity
     
     По сравнению с правильным деревом:
     
     • Присутствуют нетривиальные ветви:{STRPN,LACLM}vs{GEOKA,LACAC,ENTFA,CLOB1,FINM2}; {STRPN,LACLM,ENTFA}vs{GEOKA,LACAC,CLOB1,FINM2}; {LACAC,ENTFA,STRPN,LACLM}vs{CLOB1,FINM2,GEOKA}; {GEOKA,LACAC,ENTFA,STRPN,LACLM}vs{CLOB1,FINM2}
     • Отсутствуют нетривиальные ветви:{GEOKA,LACAC,ENTFA,STRPN,LACLM,CLOB1}vs{FINM2}
   • Average Distance Using BLOSUM62
     
     Данное дерево полностью совпадает с правльным.
   • Neighbour Joining Using BLOSUM62
     
     По сравнению с правильным деревом:
     
     • Присутствуют нетривиальные ветви:{STRPN,LACLM}vs{GEOKA,LACAC,ENTFA,CLOB1,FINM2}; {STRPN,LACLM,ENTFA}vs{GEOKA,LACAC,CLOB1,FINM2}; {LACAC,ENTFA,STRPN,LACLM}vs{CLOB1,FINM2,GEOKA}; {GEOKA,LACAC,ENTFA,STRPN,LACLM}vs{CLOB1,FINM2}
     • Отсутствуют нетривиальные ветви:{GEOKA,LACAC,ENTFA,STRPN,LACLM,CLOB1}vs{FINM2}
5. Ипортируем fasta-файл в программу MEGA → Analyze. Реконструируем дерево методом "Maximum Parsimory", в итоге получается дерево (неукорененное)
   :
   После укоренения (Subtree → Root) дерево не отличается от правильного:
   
6. После заполнения формы на сайте сервиса TreeTop был выдан результат, содержащий параметры, последовательность ( преобразованная из fasta-формата). Далее идет пролученные разными алгоритмами( cluser, topological) филогенетические деревья в Philip-формате, матрица растояний и в конце представлено графическое представление дерево: