Классификация ферментов EC

1. Сбор информации о своем ферменте

   Данный мне фермент, имеющий ID: ALDR_HUMAN представлен под EC: 1.1.1.21.
   1-Оксидоредуктаза
   1-Действует на CH-OH группы доноров
   1-с NAD⁺ или NAD(P)⁺ в качестве акцептора
   21-Альдитол: NAD(P)+ 1-оксидоредуктаза
   Схема реакции: альдитол + NAD(P)⁺ = альдоза + NAD(P)H + H⁺

2. Сколько ферментов человека с близкими функциями описано в Swiss-Prot

   Критерий поиска	Класс: Оксидоредуктазы	Подкласс:Действует на CH-OH группы доноров	с NAD+ или NAD(P)+ в качестве акцептора	EC: 1.1.1.21
   Количество	571	121	100	16

3. Проверка сохранения функции фермента у белков со сходными последовательностями

   С помощью SRS получили спикок всех белков мыши (Mus Musculus из Swiss-Prot, у которых класс Оксидоредуктазы ( EC: 1.*.*.*). Данный список сохранили в файл с последовательностями и файл с таблицей EC-кодов.Всего было найдено 549 белков с одинаковым классом, 115 - одинаковый подкласс (1.1.*.*), 97 - EC:1.1.1.* и 3 имеют всю классификацию ( 1.1.1.21).
   Находим среди белков сходные по последовательности с ферментом aldr_hunam с помощью blastp:
   

   makeblastdb -in enzfunc.fasta -out enz -dbtype prot
   blastp -query aldr_human.fasta -db enz -out homolog.out -outfmt 7 -evalue 1
   
   В результате получили 10 белков. Самая большое значение e-value равно 5e-101, следовательно, можно считать все найденные белки достоверными гомологами.
   

   Позиция находки в выдаче blastp	ID белка	E-value	EC	Совпадающая функция
   1	ALDR_MOUSE	0.0	1.1.1.21	Всё
   2	ALD1_MOUSE	4e-162	1.1.1.21	Всё
   3	ALD2_MOUSE	4e-159	1.1.1.21	Всё
   4	AKCL2_MOUSE	3e-129	1.1.1.263	3 уровня классификации (с NAD+ или NAD(P)+ в качестве акцептора)
   5	AK1D1_MOUSE	4e-120	1.3.1.3	Класс
   6	DHB5_MOUSE	2e-112	1.1.1.-	3 уровня классификации (с NAD+ или NAD(P)+ в качестве акцептора)
   7	AK1A1_MOUSE	8e-111	1.1.1.2	3 уровня классификации (с NAD+ или NAD(P)+ в качестве акцептора)
   8	AKC1H_MOUSE	7e-106	1.1.1.149	3 уровня классификации (с NAD+ или NAD(P)+ в качестве акцептора)
   9	AK1CL_MOUSE	6e-103	1.1.1.209	3 уровня классификации (с NAD+ или NAD(P)+ в качестве акцептора)
   10	AK1CD_MOUSE	5e-101	1.1.1.-	3 уровня классификации (с NAD+ или NAD(P)+ в качестве акцептора)