Функциональная роль гена в подсистеме

Определение к какой системе принадлежит ген Q9RPX5.

Из записи Uniprot определили, что данный ген кодирует белок α-протеобактерии Brucella, принадлежащий к IV системе секреции, также в запись содержит 3 ссылки на базу данных GO:

Идентификатор GO Название Тип записи Описание

GO:0016021 Интегральный мембранный белок C-клеточный компонент Белки, пронизывающие фосфолипидный бислой мембраны, хотя бы один раз.

GO:0005886 Плазматическая мембрана C-клеточный компонент Мембрана, окружающая клетку, отделяющая ее от внешней среды и состоящая из фосфолипидного бислоя и связанных с ним белков.

GO:0009405 Патогенез P-биологический процесс Набор специфических процессов, вызывающие способность организма заражать другие организмы.

Одной из лучших находок blastp, не являющейся частью заданного белка, является белокQ0GK35. В записи этого белка найдено три ссылки на базу данных GO:

Идентификатор GO Название Тип записи Описание

GO: 0016021 Интегральный мембранный белок С- клеточный компонент Пронизывающий по крайней мере один фосфолипидный бислой мембраны, весь или чать последовательности белка встраивается в мембрану.

GO:0005886 Плазматическая мембрана С- клеточный компонент Мембраны, окружающие клетки, отделяют клетку от внешней среды. Состоит из двухслойного фосфолипидного и связанных белков.

GO:0009405 Патогенез P-биологический процесс Набор специфичных процессов, создающих способности организма вызывать болезни у других организмов.

Нетрудно заметить, что индентификаторы базы данных GO совпадают. У данного мне белка сущствует две записи в поле GN LocusNames (можно заметить, что они совпадают с ссылками в поле DR KEGG): BRA0060, BS1330_II0060. Обе записи описывают IV систему секреции белка VirB10.

IV система секрекции - одна из систем секреции грамотрицательных бактерий, принимающая участие в обмене генетичким материалом с другими бактериями и транслокации онкогенных ДНК и эффекторных белков в эукариотических клетках хозяина. Сама система обычно содержит макромолекулярный РНК-комплекс, который пронизывает внешнюю и внутреннюю мембрану бактерии.

Идентификатор GO	Название	Тип записи	Описание
GO:0016021	Интегральный мембранный белок	C-клеточный компонент	Белки, пронизывающие фосфолипидный бислой мембраны, хотя бы один раз.
GO:0005886	Плазматическая мембрана	C-клеточный компонент	Мембрана, окружающая клетку, отделяющая ее от внешней среды и состоящая из фосфолипидного бислоя и связанных с ним белков.
GO:0009405	Патогенез	P-биологический процесс	Набор специфических процессов, вызывающие способность организма заражать другие организмы.

Идентификатор GO	Название	Тип записи	Описание
GO: 0016021	Интегральный мембранный белок	С- клеточный компонент	Пронизывающий по крайней мере один фосфолипидный бислой мембраны, весь или чать последовательности белка встраивается в мембрану.
GO:0005886	Плазматическая мембрана	С- клеточный компонент	Мембраны, окружающие клетки, отделяют клетку от внешней среды. Состоит из двухслойного фосфолипидного и связанных белков.
GO:0009405	Патогенез	P-биологический процесс	Набор специфичных процессов, создающих способности организма вызывать болезни у других организмов.

SEED DB

С помощью SEED, используя BLAST для поиска в геноме Brucella suis strain 1330, получили список из 4х гомлогов из разных геномов:

Для получения 14 ортологов были выставлены параметры: Region size - 15000, Number of Regions - 15, E-value - 1e-7. Из выданного списка были изключены Brucella canis ATCC и Plasmid pIP02T

Белок Virb10 обозначен на карте цифрой 1 (стрелка красного цета). В исдном геноме (Brucella suis strain 1330) в его окресности находятся гены Virb9 (2-зеленая стрелка), Virb11 (3-красная стрелка) и Virb8 (4-синя стрелка). Все данные белки входят в IV систему секреции. Таким образом можно сделать вывод, что 3 гена ко-локализованы с исходным геном: Virb8, Virb9 и Virb 11.