Киотская энциклопедия генов и геномов (KEGG)

1. Определение, в каких метаболических путях участвует фермент ALDR_HUMAN

   Идентификатор гена в KEGG: hsa:231
   

   Метаболические пути ассоциированных с геном hsa:231

   Идентификатор KEGG	Английское название	Русское название
   hsa00040	Pentose and glucuronate interconversions	Взаимопревращения пентозы и глюкуроната
   hsa00051	Fructose and mannose metabolism	Метаболизм фруктозы и маннозы
   hsa00052	Galactose metabolism	Метаболизм галактозы
   hsa00561	Glycerolipid metabolism	Метаболизм глицеролипидов
   hsa00620	Pyruvate metabolism	Метаболизм пуривата
   hsa01100	Metabolic pathways	Метаболические пути

   Изображение карты взаимопревращений пентозы и глюкуроната.

2. Структурные формулы L-серина и L-цистеина в KEGG

   На главной странице KEGG проходим по гиперссылке "KEGG2", а с открывшейся страницы - по гиперссылке "KEGG LIGAND". Проводим поиск каждого из веществ по базе лигандов (L-serine, L-сysteine):
   

   L-серин L-serine Идентификатор:C00065	L-цистеин L-cysteine Идентификатор:C00097

3. Поиск метаболического пути от одного заданного вещества к другому

   С главной страницы KEGG проходим по гиперссылке "KEGG PATHWAY". Находим гиперссылку Search&Color Pathway, следуем по ней. Далее в поле запроса вводим идентификаторы данных соединений (L-serine: C00065, L-cysteine: C00097). Раскрасим L-серин красным и L-цистеин зеленым. Из полученных карт выбираем карту метаболизма глицина, серина и треонина (Glycine, serine and threonine metabolism):
   

   
   
   В данной карте представлено два пути, направлленные от серина к цистеину.
   

   Выбранная цепочка ферментативных реакций

   Карта: метаболизм глицина, серина и треонина
   Путь; Серин → L-цистеин

   
   Выбранный путь представляет собой синтез из серина L-цистеин цистотионин β-синтетазой.

4. Сравнение метаболических путей у разных организмов.

   Определяем возмодность синтеза из серина L-цистеина цистотионин β-синтетазой у организмов, представленных в таблице ниже. Для этого переводим общую карту (Reference map) в режим, соответствующий выбранному организму. Результаты представлены ниже:
   

   Организм	Цепочка реакций возможна	Обоснование
   Bacillus subtilis	нет	Не найдено генов ни выбранного пути, ни побочного ( через цистотионин) (карта)
   Archaeoglobus fulgidus	нет	Не найдено генов ни выбранного пути, ни побочного ( через цистотионин) (карта)
   Arabidopsis thaliana	нет	Не найдено генов ни выбранного пути, ни побочного ( через цистотионин) (карта)
   Homo sapiens	да	Найден ген фермента из выбранного пути, так и оба фермента, участвующие в пути через цистотионин( карта).