Эволюционные домены

Выбор домена. Описание доменной архитектуры белков, содержащих домен.

Для реконструкции эволюции доменной структуры я выбрала домен Spo0A_c.

AC ID Функция Доменные архитектуры

PF08769 Spo0A_C С-концевой фактор инициации споруляции 2 архитектуры соотвествуют данному домену, для которых доступно 674 последовательностей

AC	ID	Функция	Доменные архитектуры
PF08769	Spo0A_C	С-концевой фактор инициации споруляции	2 архитектуры соотвествуют данному домену, для которых доступно 674 последовательностей

Выбор архитектур

Так как архитектуры всего две, то выбирать не приходится.

Домены Число представителей Характеристика других доменов

PF00072, PF08769 515 PF00072 - домен, получающий регуляторный сигнал от сенсора партнета в бактериальной двухкомпонетной системы.

PF08769 159 С-концевой фактор инициации споруляции

Домены	Число представителей	Характеристика других доменов
PF00072, PF08769	515	PF00072 - домен, получающий регуляторный сигнал от сенсора партнета в бактериальной двухкомпонетной системы.
PF08769	159	С-концевой фактор инициации споруляции

Выбор таксона

Все представленные последовательности были из таксона Bacteria и подтаксона Firmicutes. Firmicutes - бактерии, большинство которых грамположительны, однако есть и грамотрицательные представители. Эта группа характеризуется низким количеством Г+Ц пар. Firmicutes имеют шарообразные и палочкообразные клетки. Многие из этих бактерий могут образовывать эндоспоры, которые устойчивы к высыханию и могут выжить в экстремальных условиях. Представители Firmicutes встречаются в различных средах. Так же встречаются болезнетворные, фотосинтезирующие (heliobacteria) и применяемые в пищевой промышленности организмы.
Таблица с описанием представителей домена.
Выравнивание, последовательностей домена, разбитое на группы по доменным архитектурам и раскрашенное по консервативности (14%) внутри групп.

Построение филогенетического дерева по выравниванию представителей домена.

Доменные архитектуры:

1- Spo0A_C
2- Responcse_reg + Spo0A_C

Таксоны:

C- Clostridia
E- Erysipelotrichi
N- Negativicutes
B- Bacilli

Были построены деревья методом UPGMA (укорененное дерево, молекулярные часы) и Neighbor-Joining (не укорененное дерево, нет молекулярных часов).


UPGMA (% Identity)	Neighbor-Joining (% Identity)

Проанализировав дерево UPGMA можно сделать вывод, что двудоменна архитектура (Responcse_reg + Spo0A_C) эволюционировала из однодоменной (Spo0A_C). Так же можно предположить, что Bacilli выделились в отдельный класс из Firmicutes позже, чем Clostridia и Erysipelotrichi. На дереве обозначены: Bacilli - желтый, Clostridia - зеленый, Erysipelotrichi - голубой, красным - предположительно неправильная ветвь, однодоменная архитектура - розовым, а двухдоменная - синим.