Практикум 3. Пространственная структура белка

Представленный белок – бета-метилмалонил-КоА дегидратаза из бактерии Chloroflexus aurantiacus J-10-fl. Асимметрическая единица состоит из 2 цепей (рис. 1), но биологическая единица данного белка – гомотример (рис. 2), как указано в базе данных PDB. Однако статья, описывающая получение этой структуры, опубликована не была, а в более ранней работе об этом белке заявлялось, что он является гомодимером.

Асимметрическая единица.
Рис. 1. Асимметрическая единица.
Биологическая единица.
Рис. 2. Биологическая единица.

В БД PDB указаны 2 цепи – A и B, но они идентичны и имеют одинаковый идентификатор Uniprot – A9WC34. Мутаций относительно референса нет, несколько остатков обозначены как модифицированные – это остатки селенометионина. Альфа-спирали и бета-листы представлены в белке примерно в равном количестве (рис. 3). В записи присутствуют малые молекулы (рис. 4) – вода (Water, HOH) и сульфат-ионы (Sulfate ion, SO4).

Белок, покрашенный по типу вторичной структуры (красный - бета-листы, голубой - альфа-спирали).
Рис. 3. Белок, покрашенный по типу вторичной структуры (красный - бета-листы, голубой - альфа-спирали).
Сульфат-ион и аминокислоты, связывающие его.
Рис. 4. Сульфат-ион и аминокислоты, связывающие его.