| # | Имена атомов | Длина связи (Å) | Угол N-H-O (°) |
|---|---|---|---|
| Альфа спирали | |||
| 1 | N(1246_ALA)-O(1181_ALA) | 3.36 | 145.8° |
| 2 | N(1355_ALA)-O(1295_PRO) | 2,99 | 149,9° |
| 3 | N(1358_ALA)-O(1416_ALA) | 3,26 | 140,4° |
| 4 | N(1322_VAL)-O(1259_PHE) | 2,88 | 170,2° |
| 5 | N(1338_GLN)-O(1279_VAL) | 3 | 164,3° |
| Бетта-слой | 1 | N(2696_TRP)-O(1463_PRO) | 3,52 | 108° | 2 | N(1481_ILE)-O(2699_TRP) | 3,09 | 140,8° | 3 | N(2739_GLU)-O(1484_ILE) | 2,91 | 153,1° | 4 | N(1517_ILE)-O(2742_GLU) | 2,93 | 144,5° | 5 | N(2773_HIS)-O(1520_ILE) | 2,9 | 156,1° |
Получили среднее значение длины в Альфа спирали 3,098, а в Бетта-слое 3,07. Среднее значение угла в Альфа спирали равно 154,12, а в Бетта слое - 140,5. Используя (1), находим, что характерные значения расстояния N-O и угла N-H-O равны 2.99±0.1 Å, 155±11° для альфа-спиралей и 2.91±0.14 Å, 160±10° для (антипараллельных) бета-листов.
Полученные результаты оказались достаточно близки к задокументированным.
(1) Baker, E. N., & Hubbard, R. E. (1984). Hydrogen bonding in globular proteins. Progress in Biophysics and Molecular Biology, 44(2), 97–179