1. Поиск информации о белке 3L5M в Uniprot
В этой части практикума мы должны были найти информацию о данном белке в базе данных UniProt. Поиск был проведён по PDB-id (при помощи формы "Retrieve/ID mapping"), который был выдан ранее. Чтобы разобраться в устройстве записей UniProt в конец ссылки был дописан ".txt". Результаты представлены в таблице ниже.
| UniProtKB | TrEMBL |
| UniProt ID | Q3ZDM6_PSEPU |
| UniProt AC | Q3ZDM6 |
| EMBL AC | AY957609 |
| PDB ID | 3L5L; 3L5M; 3L65; 3L66; 3L67; 3L68; 3N14; 3N19; 4UTH; 4UTI; 4UTJ; 4UTK; 4UTL; 4UTM |
| Длина | 363 АА |
| Молекулярная масса | 39872 MW |
| Рекомендуемое UniProt название | отсутсвует |
| Submitted Name | Xenobiotic reductase {ECO:0000313|EMBL:AAY40303.1} |
Таблица 1. Некоторая информация о белке 3L5M в базе данных UniProt.
1. Цепь только одна.
2. Цистеин в активном центре. Утверждается, что это остаток модулятора.
3. Организм Pseudomonas putida (Arthrobacter siderocapsulatus). Относится к гамма-протеобактериям, как и E.coli
4. Участки связывания имеют координаты 57, 99, 178, 231, 358. Причём все они связываются с FMN (Flavic mononucleotide) а один (57) связывается через амидный азот (поле BINDIN).
5. Так как он содержит FMN, то его относят к флавопротеинам
6. Участок связывания с нуклеотидами имеют координаты 23-25, 302-303, 325-326 и связаны всё с тем же FMN (поле NP_BINDING).
7. Всего 4 типа лигандов: 6 SO42-, 3 BU3 (2,3-butanediol), 1 FMN, 2 COU (coumarin). Интересн, что кумарин имеет свойства, понижающие аппетит, что может служить для защиты (он ещё и горький).
8. Функции: связывание FMN и оксидоредуктазная активность.
2. Описание кластеров UniProt белка 3L5M
В этой части практикума я искал всё того же белка. Пользуясь формой "Retrieve/ID mapping" (from UniProtKB AC/ID to UniRef..), нашёл данные для UniRef50, UniRef90, UniRef100. Результаты представлены в таблице.
| Cluster ID | Cluster Name | Size |
|---|---|---|
| UniRef50_Q9R9V9 | NADH:flavin oxidoreductase | 1,334 |
| UniRef90_Q9R9V9 | NADH:flavin oxidoreductase | 322 |
| UniRef100_Q3ZDM6 | Xenobiotic reductase | 4 |
Таблица 2. Поиск кластеров в UniRef для белка 3L5M (AC=Q3ZDM6).
3. Сеансы поиска в UniProt
В этой части практикума я изучал синтаксис запросов в UniProt. В таблице приведены запросы, созданные при помощи кнопки Andvanced, и результаты.
| Сеанс поиска | Текст запроса | Сколько белков | Из них рецензированных |
|---|---|---|---|
| Поиск по SubName Full (RecName отсутствует) | name: "xenobiotic reductase" | 602 | 1 |
| Поиск по Gene name | name: xenA | 7 | 0 |
| Поиск по SubName и исходному организму | name:"xenobiotic reductase" organism:"pseudomonas putida" | 17 | 0 |
| Поиск по SubName и исходному семейству | name:"xenobiotic reductase" taxonomy:pseudomonadaceae | 393 | 0 |
| Поиск по SubName и исходному отделу | name:"xenobiotic reductase" taxonomy:proteobacteria | 521 | 0 |
| Поиск по названию "цитохром" | name:cytochrome | 3,030,383 | 7,877 |
| Поиск по названию "цитохром" и типу коловратки | name:cytochrome taxonomy:rotifera | 5,212 | 1 |
| Поиск по названию "цитохром" и таксону Зелёные водоросли | name:cytochrome taxonomy:chlorophyta | 4,070 | 84 |
| Поиск по названию "трипсин" | name:trypsin | 29,929 | 320 |
| Поиск по названию "трипсин", но без ингибиторов трипсина | name:trypsin NOT name:inhibitor | 214,960 | 104 |
Таблица 3. Сеансы поиска в UniProt с белком 3L5M.