В данном практикуме я построил филогенетическое дерево некоторых грамотрицательных бактерий. Построение производилось при помощи программы MEGA (Molecular Evolutionary Genetic Analysis). Для построения дерева я выбрал следующие виды бактерий (в скобочках указана мнемоника): Acidiphilium cryptum (ACICJ), Aromatoleum aromaticum (AROAE), Bartonella henselae (BARHE), Brucella suis (BRUSU), Haemophilus influenzae (HAEIN), Neisseria meningitidis (NEIMA), Roseobacter denitrificans (ROSDO), Saccharophagus degradans (SACD2). Ниже представлено полученное дерево.
Рис.1. Филогенетическое дерево.
◈ Скобочное представление данного дерева:
(((HAEIN,SACD2),(NEIMA,AROAE)),(((BRUSU,BARHE),ROSDO),ACICJ))
◈ Список нетривиальных ветвей, как разбиений множества листьев:
| Ветвь | Отделяемый таксон |
|---|---|
| {BRUSU,BARHE} vs {ROSDO,ACICJ,HAEIN,SACD2,NEIMA,AROAE} | порядок Ризобиевые (Rhizobiales) |
| {BRUSU,BARHE,ROSDO} vs {ACICJ,HAEIN,SACD2,NEIMA,AROAE} | — |
| {BRUSU,BARHE,ROSDO,ACICJ} vs {HAEIN,SACD2,NEIMA,AROAE} | класс Альфа-протеобактерии (Alphaproteobacteria) |
| {BRUSU,BARHE,ROSDO,ACICJ,HAEIN,SACD2} vs {NEIMA,AROAE} | класс Бета-протеобактерии (Betaproteobacteria) |
| {BRUSU,BARHE,ROSDO,ACICJ,NEIMA,AROAE} vs {HAEIN,SACD2} | класс Гамма-протеобактерии (Gammaproteobacteria) |
Таблица 1. Нетривиальные ветви.