Pfam.

На главную страницу второго семестра
Доменная стуктура белка ASSY_ECOLI.




Схематическое изображение полной доменной структуры белка ASSY_ECOLI.
В аминокислотной последовательности ASSY_ECOLI имеется лишь один домен.
http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/swisspfamget.pl?name=ASSY_ECOLI





Картинка с доменом, отмеченным на пространственной структуре ASSY_THET8.
ПРИМЕЧАНИЕ. БД Pfam не выдала pbd моего белка (ASSY_ECOLI), поэтому я 
выбрала первый pdb (1j1z) по списку. Первым по списку оказался белок ASSY_THET8.
http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00764  




Краткое описание Аргининосукцанат синтазы. 

        
 
          
 
            
Идентификатор Pfam
          
          
 
            
Название записи
          
          
 
            
Полное название домена
          
          
 
            
Положение в последовательности ASSY_Ecoli
          
        
        
 
          
 
            
PF00764
          
          
 
            
Arginosuc_synth
          
          
 
            
Аргининосукцанат синтаза
          
          
 
            
14-417
          
        
      
     

 

Подробное описание домена PF00764
  

Аргининосукцанат синтаза - фермент цикла мочевины, который катализирует предпоследний шаг
в биосинтезе аргинина: ATP-зависимая сшивает цитрулин к аспартате, чтобы сформировать
аргининосукцинат, AMP и пирофосфат.
У человека, ошибка (возможно мутация) в AS гене вызывает цитрулинемию, генетическая
болезнь, характеризующая серьезной рвотой и задержкой умственного развития.
 
Всего известно белков с доменом Аргининосукцанат синтаза (поиск ограничили 2 уровнем) 284.
 

      

        

          


            
 
              
 
                
Таксон
              
              
 
                
Количество белков с доменом PF00764.
              
            
            
 
              
Эукариоты
              
Растения
              
5
            
            
 
              
Грибы
              
17
            
            
 
              
Животные
              
23
            
             
 
              
Viridiplantae
              
4
            
             
 
              
Бактерии
              
Aquificae
              
1
              
              

             

            
Actinobacteria 
              
24
              
            

              
Deinococcus-thermus
               
4
             

             

             
Proteobacteria
             
108
              
    
             

             

             
Planctomycetes
             
1
              
    
            

             

             
Spirochaetes
             
2
              
    
            

             

             
Chloroflexi
             
2
              
    
            

             

             
Firmicutes
             
45
              
    
            

             

             
Cyanobacteria
             
11
              
    
            

             

             
Acidobacteria
             
1
              
    
            

             

             
Thermotogae
             
1
              
    
            

             

             
Chlorobi
             
4
              
    
           
            
            
 
              
Археи
              
Environmental samples 
              
4
              

              

              
Crenarchaeota
              
4
 
            

              

              
Euryarchaeota
              
20
 
           
             
          
          
  БД Pfam при поиске таксонов выдала картинку, где все перечисленные
выше таксоны были показаны в виде дерева.
   
 База данных Pfam не показала случаев дупликации домена Аргининосукцанат синтазы.
   
 В 379 случаях из 383 домен Arginosuc_Synth  единственный. 
 
Домен Arginosuc_Synth является C-концевым (т.е. всегда 
крайний с C-конца), а в рассматриваемом белке он ближе к N-концу просто потому,
что он единственный - перед ним никаких доменов нет. Домен Arg.Synth встречается в белке вместе с доменом DomainX, 
причём в некоторых белках этот самый DomainX перед нашем.


©Трембицкая Влада