Работа с программой BLASTP.

На главную страницу второго семестра
  
Поиск белка по его последовательности.
    
    а). С помощью программы BLASTP  по ссылке http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ 
в банке swissprot был проведен поиск аминокислотной последовательности ASSY_ECOLI. 
Порядковый номер в выдаче -1 из 168, Score - 902 bits, E-value - 0.0.
    
    б). Был повторен поиск  той же входной последовательностью по этой же ссылке, но 
в банке pdb.  PDB-код-1K97 ,идентификатор цепи - A, Score - 900 bits, E-value - 0.0, 
начало и конец выравнивания во входной последовательности (Query) - 2-447 , в находке 
(Subject) 1-446, процент совпадений (Identity) - 446/446 (100%). 

  На страничках, которые после запроса поиска по последовательности белка выдает программа 
BLASTP, мы можем найти много интересного, но самое важное для нас это результат самого 
поиска, который приведен на страничках ниже красивой таблички (на ней мы можем увидеть 
разноцветные полоски.) Так же эта табличка служит указателем. Эта табличка, своего рада 
статистика поиска, то есть наверху располагаются те выравнивания, которые в большей степени,
чем другие удовлетворяют запросу. (Если нажать на одну из этих полосок, то программа 
покажет нам выравнивание белка). Мы ниже этой табдицы может для каждого белка найти порядковый 
номер в выдаче, Score, E-value.  PDB-коды и идентификаторы цепей, начало и конец выравнивания 
во входной последовательности (Query) и в находке (Subject), процент совпадений (Identity).

 
Поиск белка по его гомологу.
  Был проведен поиск  swissprot программой BLASTP (по той же ссылке), но уже  последовательность 
была взята из файла ASSY_VIBCH.fasta.
Порядковый номер белка ASSY_ECOLI - 1 из 169 , Score - 129 и E-value - 2e-29 , 
начало и конец выравнивания во входной последовательности  (Query)  - 1-351- , в 
находке (Subject) - 12-367,  процент совпадений (Identity) - 101/359 (28%).
Да, белок ASSY_VIBCH  (его последовательность) была первой по счету.
  
Поиск белка по фрагментам его последовательности.
  Порядковый номер  искусственно созданной последовательности, состоящей   
из двух участков  последовательности ASSY_ECOLI - 2 из 17 , Score - 43.9 и 
E-value - 1e-04 , начало и конец выравнивания во входной последовательности  
(Query)  - 1-23- , в находке (Subject) - 1-26,  процент совпадений (Identity) - 
23/26 (88%).

Разные пользовательские интерфейсы BLAST
  Я повторила первое задание "Поиск белка по его последовательности", но уже  
пользуясь программой BLASTP на сервере EBI: http://www.ebi.ac.uk/blastall/ .
Страничка, которую программа выдала, отличалась от предыдущих кардинально.
Во-первых, не было такой красивой таблички!  Но зато, на этой страничке результаты 
поиска оформлены  в виде большой таблицы. На мой взгляд,  такое оформление лучше 
воспринимается глазами. Посмотреть выравнивания можно, нажав на специальную кнопку . 
 Так же имеются небольшие,  в Score (к тому же он выражен не в битах). E-value немного 
меньше.  
На сервере Пастеровского института: http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/blast2-simple.html
Выдал в результате те же самые результаты, но  результаты поиска  мне прислали только 
на следующий день (в текстовом формате прямо в письме).  Отличия опять-таки в Score и 
E-value, но они не велики.