Белок ASSY_ECOLI в банках Swiss-Prot и TrEMBL

На главную страницу второго семестра 
 По заданию, я сначала извлекла документ, содержащий информацию о ASSY_ECOLI из БД SwissProt.
     Изучив, полученный документ, я заполнила таблицу. 

   

       
 
          
          
Метка поля

          
          
Содержание 

          

       

          Код доступа ("Accession number")
           AC
           P0A6E4; P22767;
          

       

          Идентификатор последовательности в БД
           ID
           ASSY_ECOLI     
          

        

          Название (краткое описание) белка
           DE
           Argininosuccinate synthase (Аргининосукцинатсинтетаза) (EC 6.3.4.5) (Citrulline--aspartate  ligase).
          

          

          Дата создания документа
           DT
           07-JUN-2005, integrated into UniProtKB/Swiss-Prot.
07-JUN-2005, sequence version 1.
07-FEB-2006, entry version 9.

          

          

          Дата последнего исправления аннотации
           DT
           07-FEB-2006, entry version 9.
          

          

          Название организма
           OS
           Escherichia coli.
          

          

          Полное название таксона
           OC
           Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales;
Enterobacteriaceae; Escherichia.

          

          

          Длина последовательности
           ID,SQ
           446 а.о.
          

          

          Молекулярная масса белка
           SQ
           49767 a.e.m
          

          

          Число публикаций, использованных при создании документа
           RN
           6
          

          

          Название журнала с самой свежей публикацией
           RL
           J. Biol. Chem. 277:13074-13081(2002).
          

          

          Описание вторичной структуры
           FT
          Да, описание вторичной структуры есть и оно показывает какие элементы входят и номера их остатков.
          

          

          Что содержит поле комментариев?
           CC
          Описаны каталитическая активность,
в каких циклах участвует,
субъединица, домен,внутриклеточное положение, сходство с другими белками.  

          

          

          Какие особенности последовательности указаны?
           FT
           Указана сама цепь, указаны номера остатков, c которыми связывается ATP, указаны элементы вторичной структуры и их остатки, так же указан конфликт (то есть, есть несколько точек зрения у разных авторов, что находится на 219 и  327 отстатках) 
          

          

          Идентификаторы записей PDB
           DR
           1K97
          

          


   
По заданию, я определила сколько документов в БД UniProt содержит белки с тем же  
       кратким описанием (DE), что и, ASSY_ECOLI,  результаты приведены в таблице:       
          
       

            

               Запрос Число документов
в SwissProt		
              Число документов
в TrEMBL		
            

            
 Argininosuccinate synthase  161 189

            
 Citrulline--aspartateligase. 0 2

            
 EC 6.3.4.5 159 154

          

       
       
 
    
    
  





©Трембицкая Влада