Глобальное и локальное выравнивание аминокислотных последовательностей

Матрицы переходов

На главную страницу второго семестра

Глобальное выравнивание
 matrix.xls 
Выравнивание строилось для двух аминокислотных последовательностей:
 
последовательность первых 4-х остатков белка ASSY_ECOLI, 
та же последовательность, в которой произведено две замены (T на A, I на C)
и к которой довавлен ещё один аминокислотный остаток (D).  


Параметры, использовавшиеся при построении матрицы: вес совпадения = 2, вес 
замены = -1, штраф за делецию = -2.

Матрица переходов: 



Выравнивание, соответствующее оптимальному пути:
M T T I -
       
M A T C D

Вес оптимального пути равен нулю. 

Локальное выравнивание
Выравнивание строилось для двух аминокислотных последовательностей:
 
последовательность первых 4-х остатков белка ASSY_ECOLI, 
та же последовательность, в которой произведено две замены (T на A, I на C)
и к которой довавлен ещё один аминокислотный остаток (D).  

Параметры, использовавшиеся при построении матрицы: вес совпадения = 2, вес 
замены = -1 , штраф за делецию = -2 .


Матрица переходов: 



Выравнивание, соответствующее оптимальному пути:
M T T  
       
M A T 

Вес оптимального пути равен 3. 

                                

©Трембицкая Влада