Мотивы в белке ASSY_ECOLI, описанные в БД Prosite.

На главную страницу второго семестра
Мотивы в белке ASSY_ECOLI, описанные в БД Prosite.
      

        
 
          
Идентификатор документа PROSITE (AC)
          
Название мотива
          
Краткое описание мотива
          
Тип подписи (паттерн, профиль)
          
Паттерн (регулярное выражение)
          
Специфична ли подпись?
          
Сколько мотивов нашлось в белке?
        
         

         
          
PS00564
          
ARGININOSUCCIN_SYN_1
          
Argininosuccinate synthase signature 1 (аргининсукцинат-синтаза 1)
          
паттерн
          
[ASL] - [FY] - S - G - G - [LV] - D - T - [ST]
          
специфична
          
1
        
        
 
          
PS00565
          
ARGININOSUCCIN_SYN_2
          
Argininosuccinate synthase signature 2(аргинисукцинат-синтаза 2
)
          
паттерн
          
G - x - T - x - [KRM] - G - N - D - x(2) - R - F
          
специфична
          
1
        
        
 
          
PS00008
          
MYRISTYL
          
N-myristoylation site (сайт миристоляции азота) 
          
паттерн
          
G - {EDRKHPFYW} - x(2) - [STAGCN] - {P} 
          
неспецифична
          
11
        
        
 
          
PS00003
          
SULFATION
          
Tyrosine sulfation site(сайт сульфирования тирозина)
          
правило
          
     -
          
неспецифична
          
1
          
          
       
            
PS00001
            
ASN_GLYCOSYLATION
            
N-glycosylation site (сайт N-гликозилирования)
            
паттерн
            
N - {P} - [ST] - {P}
            
неспецифична
            
3
            
            
           
              
PS00005
              
PKC_PHOSPHO_SITE
              
Protein kinase C phosphorylation site (сайт фосфорилирования протеин-киназы С)
              
паттерн
              
[ST] - x - [RK]
              
неспецифична
              
6
              
 
             
          
               
PS00006
               
CK2_PHOSPHO_SITE
               
Casein kinase II phosphorylation site(сайт фосфорилирования казеин-киназы II)
               
паттерн
               
[ST] - x(2) - [DE]
               
неспецифична
               
4
               
 
              
          
                
PS00007
                
TYR_PHOSPHO_SITE
                
Tyrosine kinase phosphorylation site (сайт фосфорилирования тирозин-киназы)
                
паттерн
                
[RK] - x(2) - [DE] - x(3) - Y or [RK] - x(3) - [DE] - x(2) - Y
                
неспецифична
                
1
                
  
            
  
 
Сначала я зашла на сайт базы данных PROSITE.http://www.expasy.org/prosite/
 
В самом нижнем правом окошке я ввела AС белка ASSY_ECOLI.
 
Если в чекбоксе "Exclude patterns with a high probability of occurrence" поставить
галочку, то мы получим страничку , на которой перечислены только специфичные
мотивы. Если галочку не ставить
в этом чекбоксе, то мы получим страничку на которой будут перечислены специфичные
и неспецифичные мотивы.
 
На страничке, где перечислены специфичные и неспецифичные, мотивы мы можем найти
их описание (мотивов). (Индентификаторы, названия мотивов, краткое их описание,
тип подписи (паттерн или профиль), сам паттерн, естественно, специфична ли подпись
или нет, а так же количество найденных мотивов.)
ПРИМЕЧАНИЕ: в случае с белком ASSY_ECOLI было найдено 7 паттернов и 1 правило.

        
 


©Трембицкая Влада