######################################## # Program: needle # Rundate: Tue Dec 19 2006 16:34:52 # Commandline: needle # [-asequence] argG.fasta # [-bsequence] m35236.fasta # [-outfile] argG-m35236.needle # -auto # Align_format: srspair # Report_file: argG-m35236.needle ######################################## #======================================= # # Aligned_sequences: 2 # 1: U00096 # 2: M35236 # Matrix: EDNAFULL # Gap_penalty: 10.0 # Extend_penalty: 0.5 # # Length: 1344 # Identity: 1340/1344 (99.7%) # Similarity: 1340/1344 (99.7%) # Gaps: 0/1344 ( 0.0%) # Score: 6684.0 # # #======================================= U00096 1 atgacgacgattctcaagcatctcccggtaggtcaacgtattggtatcgc 50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| M35236 1 atgacgacgattctcaagcatctcccggtaggtcaacgtattggtatcgc 50 U00096 51 tttttctggcggtctggacaccagtgccgcactgctgtggatgcgacaaa 100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| M35236 51 tttttctggcggtctggacaccagtgccgcactgctgtggatgcgacaaa 100 U00096 101 agggagcggttccttatgcatatactgcaaacctgggccagccagacgaa 150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| M35236 101 agggagcggttccttatgcatatactgcaaacctgggccagccagacgaa 150 U00096 151 gaggattatgatgcgatccctcgtcgtgccatggaatacggcgcggagaa 200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| M35236 151 gaggattatgatgcgatccctcgtcgtgccatggaatacggcgcggagaa 200 U00096 201 cgcacgtctgatcgactgccgcaaacaactggtggccgaaggtattgccg 250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| M35236 201 cgcacgtctgatcgactgccgcaaacaactggtggccgaaggtattgccg 250 U00096 251 ctattcagtgtggcgcatttcataacaccaccggcggcctgacctatttc 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| M35236 251 ctattcagtgtggcgcatttcataacaccaccggcggcctgacctatttc 300 U00096 301 aacacgacgccgctgggccgcgccgtgactggtaccatgctggttgctgc 350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| M35236 301 aacacgacgccgctgggccgcgccgtgactggtaccatgctggttgctgc 350 U00096 351 gatgaaagaagatggcgtgaatatctggggtgacggtagcacctacaaag 400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| M35236 351 gatgaaagaagatggcgtgaatatctggggtgacggtagcacctacaaag 400 U00096 401 gaaacgatatcgaacgtttctatcgttatggtctgctgaccaatgctgaa 450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| M35236 401 gaaacgatatcgaacgtttctatcgttatggtctgctgaccaatgctgaa 450 U00096 451 ctgcagatttacaaaccgtggcttgatactgactttattgatgaactggg 500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| M35236 451 ctgcagatttacaaaccgtggcttgatactgactttattgatgaactggg 500 U00096 501 cggccgtcatgagatgtctgaatttatgattgcctgcggtttcgactaca 550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| M35236 501 cggccgtcatgagatgtctgaatttatgattgcctgcggtttcgactaca 550 U00096 551 aaatgtctgtcgaaaaagcctactccacagactccaacatgcttggtgca 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| M35236 551 aaatgtctgtcgaaaaagcctactccacagactccaacatgcttggtgca 600 U00096 601 acgcatgaagcgaaggatctggaatacctcaactccagcgtcaaaatcgt 650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| M35236 601 acgcatgaagcgaaggatctggaatacctcaactccagcgtcaaaatcgt 650 U00096 651 caacccgattatgggcgtgaaattctgggatgagagcgtgaagatcccgg 700 ||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| M35236 651 caacccgaatatgggcgtgaaattctgggatgagagcgtgaagatcccgg 700 U00096 701 cagaagaagtcacagtacgctttgaacaaggtcatccggtggcgctgaac 750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| M35236 701 cagaagaagtcacagtacgctttgaacaaggtcatccggtggcgctgaac 750 U00096 751 ggtaaaacctttagcgacgacgtagaaatgatgctggaagctaaccgcat 800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| M35236 751 ggtaaaacctttagcgacgacgtagaaatgatgctggaagctaaccgcat 800 U00096 801 cggcggtcgtcacggcctgggcatgagcgaccagattgaaaaccgtatca 850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| M35236 801 cggcggtcgtcacggcctgggcatgagcgaccagattgaaaaccgtatca 850 U00096 851 tcgaagcgaaaagccgtggtatttacgaagctccggggatggcactgctg 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| M35236 851 tcgaagcgaaaagccgtggtatttacgaagctccggggatggcactgctg 900 U00096 901 cacattgcgtatgaacgcctgttgaccggtattcacaacgaagacaccat 950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| M35236 901 cacattgcgtatgaacgcctgttgaccggtattcacaacgaagacaccat 950 U00096 951 tgagcagtatcacgcgcatggtcgtcagttgggccgtctgctgtaccagg 1000 ||||||||||||||||||||||||||||||||..||.||||||||||||| M35236 951 tgagcagtatcacgcgcatggtcgtcagttggatcgcctgctgtaccagg 1000 U00096 1001 ggcgttggtttgactcccaggcgctgatgctgcgtgactctctgcaacgc 1050 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| M35236 1001 ggcgttggtttgactcccaggcgctgatgctgcgtgactctctgcaacgc 1050 U00096 1051 tgggttgccagccagatcactggtgaagttaccctggagctgcgccgtgg 1100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| M35236 1051 tgggttgccagccagatcactggtgaagttaccctggagctgcgccgtgg 1100 U00096 1101 gaacgattattcaatcctgaataccgtctcagagaacctgacctacaagc 1150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| M35236 1101 gaacgattattcaatcctgaataccgtctcagagaacctgacctacaagc 1150 U00096 1151 cagagcgtctgacgatggaaaaaggcgactcggtgttctcgccagatgat 1200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| M35236 1151 cagagcgtctgacgatggaaaaaggcgactcggtgttctcgccagatgat 1200 U00096 1201 cgtattggtcaattgaccatgcgtaacctggatatcactgatacccgcga 1250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| M35236 1201 cgtattggtcaattgaccatgcgtaacctggatatcactgatacccgcga 1250 U00096 1251 gaaacttttcggttatgccaaaactggcctgctttcctcctctgccgctt 1300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| M35236 1251 gaaacttttcggttatgccaaaactggcctgctttcctcctctgccgctt 1300 U00096 1301 caggcgtgccgcaggtggagaatctggaaaacaaaggccagtaa 1344 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| M35236 1301 caggcgtgccgcaggtggagaatctggaaaacaaaggccagtaa 1344 #--------------------------------------- #---------------------------------------