Филогенетические деревья (продолжение) - bootstrap и drawtree.

На главную страницу четвертого семестра

Бутстреп-анализ выравнивания мутированных последовательностей.
 Программой fseqboot было создано 100 бутстреп-реплик выравнивания
 (т.е. 100 выравниваний, подлученных из данного путем копирования случайно 
  выбранной половины позиций и удаления оставшейся половины): 
 fseqboot ali.fasta -auto
 На выходе - файл с расширением - fseqboot. 
 Далее этот файл был подан на вход программе fdnaml. 
 В выходном файле (.treefile) оказалось 100 скобочных формул, соответствующих 
 реконструкциям, сделанным по каждому из выравниваний. 
 Далее была запущена программа fconsense. 
 В выходном файле оказались результаты бутстреп-анализа.
 Выходной файл содержит след. неукорененное дерево:
 Цифры на ветках дерева означают, сколько раз данная ветвь 
 встречается из ста.
         +---------------------------C
         |
  +------|             +-------------D
  |      |      +-89.0-|
  |      |      |      |      +------F
  |      +-82.0-|      +-81.0-|
  |             |             +------E
  |             |
  |             +--------------------A
  |
  +----------------------------------B


 Реальные данные: 
            
 Данные бутстеп-анализа:
            
 Ветви консенусного дерева и реального совпадают, то есть, соответстенно, 
и бутсреп-значения для ветвей реального дерева такие же, что и для 
консеунсного.Просто ветви консенусного дерева повернуты иначе, чем у реального
дерева. 

Изображение дерева программой fdrawtree. 
 Скобочная формула (((((А:50,(В:41,С:41):9):25,D:75):20,Е:95):20,F:115);)
была помещена в отдельный файл.  Данный файл был подан на вход программе fdrawtree. 
 Результат:
            


©Трембицкая Влада