Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO.

На главную страницу четвертого семестра
  
  •  Поиск нужного термина в словарях GO. 
    •   
    На главном сайте консорциума GO, http://www.geneontology.org, 
    был найден наиболее подходящий термин GO.  
    
  • заданное описание локализации - рибосома; 
    • 
    
  • выбранный термин GO -ribosome, его идентификатор - GO:0005840;
    • 
    
  • название онтологии GO - cellular component (клеточный компонент); 
    • 
    
  • Определение термина.
    
           Внутриклеточная органелла, около 200 ангстрем в диаметре, состоящая из 
    РНК и белка. Это место биосинтеза белка, происходящего в результате 
    трансляции матричной РНК (м-РНК). Рибосома состоит из двух субъединиц: 
    большой и  малой, каждая из которых содержит белок и РНК. Рибосома и ее 
    субъединицы характеризуются коэффициентами седиментации, которые выражаются
    в единицах Svedberg и обозначаются символом "S". Прокариотическая рибосома 
    (70S) включает большую (50S) и малую (30S) субъединицы, в то время как 
    эукариотическая рибосома (80S) включает большую (60S) и малую (40S) 
    субъединицы. За трансляцию отвечают два участка большой рибосомальной 
    субъединицы: аминоацил-тРНК-связывающий сайт и пептидил-тРНК-связывающий сайт. 
    Рибосомы прокариот, эукариот, митохондрий и хлоропластов имеют характерно 
    различные рибосомные белки, специфичные для каждого вида.
    • 
    
  
  •  Описание функции   конкретного  белка с помощью GOA.
    • 
  На главной страничке БД GOA был введен 
  в поле запроса AC (P0A6E4) UniProt ASSY_Ecoli. По данным этой странички былы 
  описаны функции  в  таблице следующего вида:

    
  
    
    
    
       
      Онтология GO (имя) 
      Количество ассоциированных терминов GO 
      Краткий ответ на вопрос 
      
   
    
    
    
      Где?
       Клеточные компоненты (Component) 
       0
       -
       
    
    
    
    
      Зачем, для чего? 
       Биологический процесс (Process) 
       4
       биосинтез аргинина, биосинтез аминокислот.
      
    
    
    
    
      Молекулярный механизм? 
       Молекулярные функции (Function) 
       9
       нуклеотидное связывание, активность при синтезе 
      аргининосукцината (катализирует следующую реакцию: ATP + L-citrulline + 
      L-aspartate = AMP + diphosphate + (Nw-L-arginino)succinate, лигазная активность, связывание АТФ,
      связывание белка. 
      
    
    
    
    
      Специфичность?
       Молекулярные функции (Function)
       3 одинаковых записи (из след. источников: UniProt, InterPro, HAMAP)
        Специфичность данного белка описывается в поле Function,
                 но указана она только в трех записях. В них указана соответствующая
                 реакция, где ASSY_Ecoli специфично связывается с L-citrulline.
       
     

    
  
    
   Примечание.
    Интересно, что в онтологиях Process и Function были представлены повторяющиеся
    ссылки. Повторяющиеся ссылки были одинаковы, но вот источники различались.
  
     
    
  •  Создание больших выборок белков с определенными функциями
    
      (поиск по идентификаторам GO в БД UniProt с помощью SRS).
    • 
  
    
     Необходимо было оценить насколько хорошо аннотированы в UniProt
     функции белка конкретной группы (Plasmodium falciparum).

  Протеом Plasmodium falciparum.
  Результаты поиска в UniProt, 7.04.2007 г.
  
    
    
     
       
      Количество записей 
      Запрос 
    
    
    
     
      Всего 
       11921
       (([uniprot-Organism:Plasmodium*] &  [uniprot-Organism:falciparum*]) |  [uniprot-Organism:Plasmodium falciparum*])  
    
    
    
     
      С идентификаторами GO (хотя бы с одним из хотя бы одной онтологии)
       2924
       ((([uniprot-Organism:Plasmodium*] &  [uniprot-Organism:falciparum*]) |  [uniprot-Organism:Plasmodium falciparum*]) &  [uniprot-DBxref_:GO:*]) 
    
    
     
     
      С идентификаторами всех 3-х онтологий GO (процесс - P (Process), функция - F (Function), компонент - C (Component).)
       649
       ((([uniprot-Organism:Plasmodium*] &  [uniprot-Organism:falciparum*]) |  [uniprot-Organism:Plasmodium falciparum*]) &  (((([uniprot-DBxref_:GO:*] & [uniprot-DBxref_:F:*]) &  [uniprot-DBxref_:C:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*]) |  [uniprot-DBxref_:GO:P:F:C:*])) 
    
    
    
     
      В том числе белков рибосомы
       104
       ((([uniprot-Organism:Plasmodium*] &  [uniprot-Organism:falciparum*]) |  [uniprot-Organism:Plasmodium falciparum*]) &  (((([uniprot-DBxref_:GO:*] & [uniprot-DBxref_:F:*]) &  [uniprot-DBxref_:C:ribosome*]) & [uniprot-DBxref_:P:*]) |  [uniprot-DBxref_:GO:P:F:C:ribosome*])) 
    
    
    
     
      В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только IDA или TAS) 
       0
       (((([uniprot-Organism:Plasmodium*] & [uniprot-Organism:falciparum*]) | [uniprot-Organism:Plasmodium falciparum*]) & (((([uniprot-DBxref_:GO:*] & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:C:ribosome*]) | [uniprot-DBxref_:GO: F: P: C:ribosome*])) & ((((((((((((([uniprot-DBxref_:IDA:*] | [uniprot-DBxref_:TAS:*]) ! [uniprot-DBxref_:IEA:*]) ! [uniprot-DBxref_:IEP:*]) ! [uniprot-DBxref_:IGI:*]) ! [uniprot-DBxref_:IMP:*]) ! [uniprot-DBxref_:IPI:*]) ! [uniprot-DBxref_:ISS:*]) ! [uniprot-DBxref_:NAS:*]) ! [uniprot-DBxref_:ND:*]) ! [uniprot-DBxref_:RCA:*]) ! [uniprot-DBxref_:NR:*]) ! [uniprot-DBxref_:IGC:*]) ! [uniprot-DBxref_:IC:*])) 
    
    
    
     
      В том числе те, у которых встречается хотя  бы  один раз  самое хорошее  доказательство функции (коды только IDA или TAS) 
       0
        (((([uniprot-Organism:Plasmodium*] & [uniprot-Organism:falciparum*]) | [uniprot-Organism:Plasmodium falciparum*]) & (((([uniprot-DBxref_:GO:*] & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:C:ribosome*]) | [uniprot-DBxref_:GO: F: P: C:ribosome*])) & ([uniprot-DBxref_:IDA:*] | [uniprot-DBxref_:TAS:*])) 
    
    
  
    
   	
    	Всего в UniProt белков малярийного плазмодия найдено 11921. 
    Количество белков Plasmodium falciparum, для которых имеется аннотация GO 2924. 
    Из них всего 649 имеют идентификаторы всех трёх онтологий GO. Из них всего
    104 рибосомальных. 
    По данным таблице видно, что аннотаций, которые имеют коды доказательств
    TAS или IDA нет. Можно предполагать, что функции практически всех рибосомальных
    белков Plasmodium falciparum приписаны с помощью электронной аннотации.
    Данные функции нужно проверять экспериментально.

    

    
©Трембицкая Влада