Пространственная структура белка 1TYG

1) Работа в командном окне. Разные типы моделей структуры.

Модели 3D структур белков бывают шариковые, проволочные, шарнирные и ленточные. Вот, например, шариковая модель.

белок в шариковой модели

2) Определение молекул в заданной структуре.

Пространственная структура THIS_BACSU (PDB ID 1TYG)

Заголовок структуры: BIOSYNTHETIC PROTEIN

Название структуры: STRUCTURE OF THE THIAZOLE SYNTHASE/THIS COMPLEX

В документе представлены следующие цепи макромолекул:

Идентификатор цепи	Число остатков	Название молекулы
B	87	YJBC
G	87	YJBC
A	253	THIAZOLE BIOSYNTHESIS PROTEIN THIG
C	253	THIAZOLE BIOSYNTHESIS PROTEIN THIG

В документе представлены следующие низкомолекулярные вещества:

ID	Название	Формула	Число молекул	Русское название
PO4	PHOSPHATE ION	(PO4)3-	2	Фосфат-ион
HOH	WATER	Н2 О	5	Вода

(*) Я обнаружил расхождения между тем, что мы можем видеть посредством RasMol и тем, что прописано в поле SEQRES pdb-файла.

В поле REMARK, отвечающем за какие-либо расхождения находим:

MISSING RESIDUES
THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE
EXPERIMENT.
(M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN
IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.)

RES   C    SSSEQI
MET   B      -20
GLY   B      -19
HIS   B      -18
HIS   B      -17
HIS   B      -16
HIS   B      -15
HIS   B      -14
HIS   B      -13
HIS   B      -12
HIS   B      -11
HIS   B      -10
HIS   B       -9
SER   B      -8
SER   B      -7
GLY   B      -6
HIS   B      -5
ILE    B      -4
GLY   B      -3
GLY   B      -2
ARG B      -1
HIS   B       0

RES   C    SSSEQI
MET   G      -20
GLY   G      -19
HIS   G      -18
HIS   G      -17
HIS   G      -16
HIS   G      -15
HIS   G      -14
HIS   G      -13
HIS   G      -12
HIS   G      -11
HIS   G      -10
HIS   G       -9
SER   G      -8
SER   G      -7
GLY   G      -6
HIS   G      -5
ILE    G      -4
GLY   G      -3
GLY   G      -2
ARG G      -1
HIS   G       0
GLY   G      65
GLY   G      66

Итак, мы видим что в цепочке "B" не хватает 21-ного остатка, а в цепочке "G" 23-х остатков.

Конкретно мой белок (THIS_BACSU) содержит только цепочки B и G.

3) Изображения, полученные с помощью скрипта

1. Вся структура в шариковой модели

2. Структура только белка в остовной модели
Остовная