Контакты в структуре белка THIS_BASCU (PBD ID 1TYG)

Bсе изображения контактов в белке можно получить с помощью скрипта, а для инсулина другим скриптом.

1) Пример гидрофобного контакта

Командой restrict within(5.0, Phe157:A) получено изображение фенилаланина и всех атомов, расположенных от него на расстоянии не более 5 А:

Собственно взаимодействующие гидрофобные группы представлены на картинке ниже (их атомы - шарики большего размера).

2) Примеры водородных связей между боковыми группами

а) И донором, и акцептором водорода является кислород	b) И донором, и акцептором водорода является азот

3) Пример дисульфидного мостика

В моем белке дифульфидные S-S мостики отсутствуют.
Это было проверено командой ssbond.
Зато в молекуле инсулина их 6.
Ниже представлен один из них (между двумя остатками цистеина Cys).
ssbond

Описание контактов белка с лигандом

Изображения получаем с помощью скрипта.

Командой restrict within (5.0,*A.P) было получено изображение всех атомов вокруг фосфат-иона цепи А.

Имя атома контакта	Имя контактирующего атома белка	Расстояние в A	Предположительная природа контакта
PO4:A.O3	ILE258:A.CA	3.34	Водородные связи
PO4:A.O1	ALA285:A.CA	3.11
PO4:A.O2	THR308:A.N	2.70
PO4:A.O2	ASN307:A.N	2.69
PO4:A.O3	GLY259:A.N	2.58
PO4:A.O3	GLY286:A.N	3.05