Эволюционные домены

1. Описание доменной архитектуры белка THIS_BACSU в соответствии с банком Pfam

Для выполнения поиска перейдём на главную страницу Pfam, после чего заполним таблицу.

Доменная структура белка THIS_BACSU по данным Pfam
Cхема из Pfam:
Пояснения к схеме
№	Pfam AC	Pfam ID	Полное название семейства доменов	Положение в последовательности белка ThiS_BACSU	Клан
1.	PF02597	ThiS	ThiS (thiaminS) является 66-аа белком, участвующим в передаче серы O32583. Это семейство белков имеет два консервативных Glycines на конце COOH. 1. Thiocarboxylate формируется на последних G в процессе активации. Сера передается от ThiI к ThiS в реакции, катализируемой ISCS. 2. MoaD, P30748 белок, участвующий в передаче серы в синтезе молебнопротеина, примерно такой же длины и показывает ограниченное сходство последовательностей к ThiS. Оба имеют консервативные GG в конце COOH.	1 - 66	Клан Ubiquitin (CL0072), содержит 36 семейств, у двух из которых неизвестна функция (PFAM ID начинается с DUF). Общее число доменов в клане – 70441. Создатель клана – A. Bateman

2. Данные о домене THIS белка THIS_BACSU

pfam_domen

- домен ThiS входит в 30 архитектур

- последовательность известна для 4665 белков, содержащих домен ThiS

- пространственная структура PDB определена для 13 разных белков, содержащих домен (Всего: 28 структур)

Сохраняем выравнивание "seed" фрагментов белков, соответствующих домену ThiS, из раздела Alignments:

pfam_jalview

(картинка полностью)

Судя по присутствию в выравнивании участков с повышенной долей консервативных участков, можно утверждать, что белки действительно гомологичны по домену ThiS.

3. Описание доменной архитектуры, в которой присутствует два или более разных домена

В моём белке ThiS_BACSU присутствует только домен ThiS, поэтому мы воспользовались другими архитектурами и выбрали одну из 30 известных, где присутствует мой домен ThiS и схожий с ним домен MoaE.

У домена ThiS 2126 видов, поэтому дерево построить весьма проблематично, но мы загрузили текстовый файл, откуда и взяли информацию для заполнения таблицы.

Таксон		Количество белков с доменом PF02597 ThiS	Количество белков с доменом PF02391 MoaE
Эукариоты	Зеленые растения (Viridiplantae)	24	32
	Грибы (Fungi)	37	58
	Животные (Metazoa)	23	63
	Остальные эукариоты	25	19
Археи (Archaea)		0	110
Бактерии (Bacteria)		4278	1980
Вирусы (Viruses)		0	0

- в целом, представленность домена MoaE у таксонов больше, чем у ThiS, за исключением таксона "Bacteria", где количество белков в два раза больше с доменом ThiS.

И вот ещё небольшое дополнение:

→ с доменом THIS у человека нашёлся 1 белок

↓
а с доменом MoaE нашлось 2 белка

4. Сравнение описания мотивов в разных банках семейств по данным InterPro

Перейдём на страницу Interpro и выполним поиск по идентификатору THIS моего белка. В результате чего получим описания мотивов:

Исходя из полученных данных получаем:

- самый короткий мотив → ThiS (описан в банке Pfam)

- самый длинный мотив → Ferredoxin_fold (описан в банке SuperFamily)

- в InterPro также интегрированы структурные подписи: 1ux0A, 1ux0B, 1uwzA00 (3.40.140.10) и d1uwza (c.97.1.1)

- границы структурных доменов такие же, как и границы доменов Pfam (1 - 66)