Programs

В Windows запустили Putty и зашли на сервер kodomo под своим логином и паролем.

- Командой pwd проверили,что находимся в нужной нам домашней директории: /home/students/y11/vladef

- Командой mkdir в домашней директории последовательно создаём поддиректории Term2/Block1/Practices/Pr1 :(mkdir ~/Term2) -> (mkdir ~/Term2/Block1) -> (mkdir ~/Term2/Block1/Practices) -> (mkdir ~/Term2/Block1/Practices/Pr1)

- Командой ls убеждаемся, что папки появились (ls ~/путь к директории, содержимое которой хотим проверить)

- Командой cd переходим в директорию Pr1, в которой предстоит работать (cd ~/Term2/Block1/Practices/Pr1)

Задание 3. Получение информации о своём белке.

- Командой (infoseq sw:Uniprot ID белка) мы можем узнать информацию о любом интересующем нас белке из банка SwissProt

- Командой (infoseq sw:THIS_BACSU 1> THIS_BACSU.info) мы направляем информацию о нашем белке в файл THIS_BACSU.info

Задание 4. Запись информации о программе infoseq в файл.

- Командой (infoseq -help) мы можем получить справку по программе "infoseq"

- Командой (man infoseq) мы также можем получить справку по программе "infoseq", но уже более подробную

- Командой (infoseq -help 2> infoseq_help.info) направляем информацию о программе "infoseq" в файл infoseq_help.info

Задание 5. Поиск таких же белков в других видах рода Bacillus, используя "*" в имени последовательности.

- Командой (infoseq sw:THIS_BAC*) нам не удалось найти таких же белков в других видах рода Bacillus

- Командой (infoseq sw:THIS_* 1> extra_proteins.info) мы смогли найти такой же белок ещё и у вида ECOLI - кишечной палочки рода эшерихии и записали выданную информацию о двух белках в файл extra_proteins.info

Задание 6. Повторение команды из предыдущего 5-ого задания, используя разные опции изменения выдачи результата.

Остальные опции с примерами и описанием представлены в следующем 7-ом задании.

Задание 7. Описание команды "infoseq" и её параметров.

Параметры	Описание	Примеры
-outfile	If you enter the name of a file here then this program will write the sequence details into that file.	(infoseq sw:THIS_BACSU -outfile outfile.info) - outfile.info
-html	Format output as an HTML table	(infoseq sw:THIS_BACSU -html 1> html.info) - html.info
-[no]columns	Set this option on to print the sequence information into neat, aligned columns in the output file. Alternatively, leave it unset (N), in which case the information records will be delimited by a character, which you may specify by using the -delimiter option. In other words, if -columns is set on, the -delimiter option is overriden.	(infoseq sw:THIS_BACSU -columns 1> columns.info) - columns.info (infoseq sw:THIS_BACSU -nocolumns 1> nocolumns.info) - nocolumns.info
-delimiter	This string, which is usually a single haracter only, is used to delimit individual records in the text output file. It could be a space character, a tab character, a pipe character or any other character or string.	(infoseq sw:THIS_BACSU -nocolumns -delimiter "))" 1> delimiter.info) - delimiter.info
-only	This is a way of shortening the command line if you only want a few things to be displayed.	(infoseq sw:THIS_BACSU -only -length 1> onlylength.info) - onlylength.info
-[no]heading	Display column headings	(infoseq sw:THIS_BACSU -heading 1> heading.info) - heading.info (infoseq sw:THIS_BACSU -noheading 1> noheading.info) - noheading.info
-usa	Display the USA of the sequence. Only with -only	(infoseq sw:THIS_BACSU -only -usa 1> usa.info) -usa.info
-database	Display 'database' column. Only with -only	(infoseq sw:THIS_BACSU -nodatabase 1> nodatabase.info) - nodatabase.info
-name	Display 'name' column. Only with -only	(infoseq sw:THIS_BACSU -only -name 1> name.info) - name.info
-accession	Display 'accession' column. Only with -only	(infoseq sw:THIS_BACSU -only -accession 1> accession.info) - accession.info
-type	Display 'type' column. Only with -only	(infoseq sw:THIS_BACSU -only -type 1> type.info) - type.info
-length	Display 'length' column. Only with -only	(infoseq sw:THIS_BACSU -only -length 1> onlylength.info) - onlylength.info
-organism	Display 'organism' column. Only with -only	(infoseq sw:THIS_BACSU -only -organism 1> organism.info) - organism.info
-description	Display 'description' column. Only with -only	(infoseq sw:THIS_BACSU -only -description 1> description.info) - description.info
-gi	Display 'GI' column	(infoseq sw:THIS_BACSU -gi 1> gi.info) - gi.info
-seqversion	Display 'version' column	(infoseq sw:THIS_BACSU -seqversion 1> seqversion.info) - seqversion.info
-pgc	Display 'percent GC content'column. Only with -only	(infoseq sw:THIS_BACSU -pgc 1> pgc.info) - pgc.info
-help	Report command line options and exit. More information on associated and general qualifiers can be found with -help -verbose	(infoseq sw:THIS_BACSU -help 2> help.info) - help.info

С помощью команды "entret" на сервере kodomo мы можем получить информацию о белках из локальных банков данных.

Общая запись команды - (entret sw:<Uniprot ID белка> <имя файла, в который записать полученную информацию>).

C помощью данной команды можно получить информацию о доступных базах данных.

Запись команды - (showdb). Вывод результата как HTML-таблицы (showdb -html)

Подробную информацию о работе с командой "showdb" мы можем получить командой (showdb -help).

Bash

1) Некоторые полезные команды

Команда	Пояснение
pwd	сообщает полное имя текущей директории
ls	показывает содержимое текущей директории
cp <имя файла 1> <имя файла 2>	копирует файл 1 в файл 2
mv <имя файла 1> <имя файла 2>	переименовывает файл
mv <имя файла> <имя поддиректории>	перемещает файл в поддиректорию
rm <имя файла>	уничтожает файл
mkdir <имя поддиректории>	создает поддиректорию
cd <имя поддиректории>	переход в поддиректорию
cd ..	выход из поддиректории (переход в родительскую директорию)
more <имя файла>	просмотр содержимого файла (клавишами "пробел" и "Enter")
man <команда>	выдает подробную информацию о команде
find . -name lostfile -print	ищет файлы в текущей директории и поддиректориях и выводит имена файлов на экран
echo <текст>	выводит на экран указанный текст
cat <имя файла 1> <имя файла 2> > <имя файла 3>	объединяет два или более файлов в один
grep <текст> <имя файла>	выдаёт строки данного файла, содержащие указанный текст
less <имя файла>	показывает содержимое файла

(см. также здесь)

2) Стандартные потоки

Каждая программа, с которой можно работать из командной строки имеет дело с 3 потоками: stdin, stdout и stderr.

stdin

стандартный поток ввода

"0"

по умолчанию содержит то, что мы набираем на клавиатуре во время работы программы (например, в ответ на вопросы программы)

stdout

стандартный поток ввода

"1"

по умолчанию содержание отображается в консольном окне

stderr

стандартный поток ошибок

"2"

по умолчанию содержание отображается в консольном окне

3) Перенаправление вывода

Символ > используется для перенаправления стандартного вывода (stdout) команды в файл.

Например, команда (ls > cur_dir.txt) приведет к тому, что список файлов текущей директории окажется в файле cur_dir.txt. При этом, если файл с таким именем уже существовал, то его старое содержимое исчезнет.

Чтобы дописать stdout команды в конец уже существующего файла, используется сочетание символов >>.

Например, команда (cat file2.txt >> file1.txt) приведет к тому, что в файле file1.txt после его старого содержимого окажется еще и содержимое файла file2.txt.

Чтобы записать в файл stderr, в bash можно применить сочетание символов 2>, например: (entret -help 2> entret.help).

Для направления stdout одной команды на вход (stdin) другой команды используется "pipe" (конвейер), задаваемый знаком |

Например: (ls -l | more) позволяет просмотреть программой more информацию о файлах в текущей директории.

Чтобы направить в конвейер stderr, придётся воспользоваться довольно громоздким выражением 2>&1|

4) Спецсимволы bash

Ряд символов вопринимается интерпретатором командной строки bash не буквально, а как указания произвести некоторые операции.

Это следующие символы:

1) Пробел, табулятор и перенос строки -> для разделения параметров;

2) Кавычки:

" " -> выражение внутри кавычек объединяется и интерпретируется

' ' -> выражение внутри кавычек объединяется, но не интерпретируется

` ` -> выражение внутри кавычек выполняется

3) Сочетание \ с любым символом превращается в этот символ

4) "Маски" файлов:

* -> заменяет собой один, несколько или ни одного символа

? -> заменяет конкретно один символ

[m-n] -> заменяет один символ из интервала {m-n}

5) Символ ! используется для вызова команды из журнала команд

(подробнее здесь)

5) Описание команды "wc"

При помощи команды "wc" мы можем подсчитать количество строк, слов и байтов в указанном файле. Общая запись команды - (wc <имя файла>).

Эту команду можно использовать при с различных параметрах:
-c, --bytes - подсчитывает количество байтов
-m, --chars - подсчитывает количество символов
-l, --lines - подсчитывает количество строк
-L, --max-line-length - подсчитывает длину самой длинной строки
-w, --words - подсчитывает количество слов

Командами wc_help.txt и wc_man.txt мы можем получить подробную информацию о работе с командой "wc".

Описания программ