8 (926) 907 94 08 Здесь должен быть мальчик с мензуркой!
Всё на свете является чудом!

Поисковая система Pubmed

Постановка задачи: Необходимо, используя поисковую систему Pubmed, описать, что известно о посттрансляционной модификации N6-acetyllysine в 12-м остатке гистона H4 в клетках человека.

1. Регистрация на сайте NCBI

- заходим на сайт PubMed и проходим по ссылке "Sign In"

- выбираем ссылку "Register for an account" и затем регистрируемся, заполняя необходимые поля

2. Составление запросов и сохранение подходящих статей в коллекции

- при помощи поисковой системы PubMed ищем интересующую нас информацию

- чтобы найти подходящие и полезные нам статьи пришлось составлять различные поисковые запросы

Для наглядности результаты представлены в виде таблицы:


Запрос

Запрос в Query Translation

Запрос в Translation

All – (число найденных публикаций)

Free Full Text - (число открытых публикаций)

Reviews – (число найденных обзоров)

(N6) AND (acetyllysine)

N6[All Fields] AND (acetyl[All Fields] AND ("lysine"[MeSH Terms] OR "lysine"[All Fields]))

lysine

"lysine"[MeSH Terms] OR "lysine"[All Fields]

37

12

1

(N6) AND (acetyllysine) AND (histone)

N6[All Fields] AND (acetyl[All Fields] AND ("lysine"[MeSH Terms] OR "lysine"[All Fields])) AND ("histones"[MeSH Terms] OR "histones"[All Fields] OR "histone"[All Fields])

lysine

"lysine"[MeSH Terms] OR "lysine"[All Fields]

histone

"histones"[MeSH Terms] OR "histones"[All Fields] OR "histone"[All Fields]

1

-

-

(N6) AND (acetyllysine) AND (human)

N6[All Fields] AND (acetyl[All Fields] AND ("lysine"[MeSH Terms] OR "lysine"[All Fields])) AND ("humans"[MeSH Terms] OR "humans"[All Fields] OR "human"[All Fields])

lysine

"lysine"[MeSH Terms] OR "lysine"[All Fields]

human

"humans"[MeSH Terms] OR "humans"[All Fields] OR "human"[All Fields]

8

2

1

(N6)AND(acetyllysine)AND((histone)OR(human))

N6[All Fields] AND (acetyl[All Fields] AND ("lysine"[MeSH Terms] OR "lysine"[All Fields])) AND (("histones"[MeSH Terms] OR "histones"[All Fields] OR "histone"[All Fields]) OR ("humans"[MeSH Terms] OR "humans"[All Fields] OR "human"[All Fields]))

lysine

"lysine"[MeSH Terms] OR "lysine"[All Fields]

histone

"histones"[MeSH Terms] OR "histones"[All Fields] OR "histone"[All Fields]

human

"humans"[MeSH Terms] OR "humans"[All Fields] OR "human"[All Fields]

8

2

1

histone H4 & human & acetyllysine[Title/Abstract]

("histones"[MeSH Terms] OR "histones"[All Fields] OR ("histone"[All Fields] AND "h4"[All Fields]) OR "histone h4"[All Fields]) AND ("humans"[MeSH Terms] OR "humans"[All Fields] OR "human"[All Fields]) AND acetyllysine[Title/Abstract]

histone H4

"histones"[MeSH Terms] OR "histones"[All Fields] OR ("histone"[All Fields] AND "h4"[All Fields]) OR "histone h4"[All Fields]

human

"humans"[MeSH Terms] OR "humans"[All Fields] OR "human"[All Fields]

13

6

2

histone h4 & acetylation

("histones"[MeSH Terms] OR "histones"[All Fields] OR ("histone"[All Fields] AND "h4"[All Fields]) OR "histone h4"[All Fields]) AND ("acetylation"[MeSH Terms] OR "acetylation"[All Fields])

histone h4

"histones"[MeSH Terms] OR "histones"[All Fields] OR ("histone"[All Fields] AND "h4"[All Fields]) OR "histone h4"[All Fields]

acetylation

"acetylation"[MeSH Terms] OR "acetylation"[All Fields]

6314

3140

843

histone h4[TiAb] & acetylation & lys12

histone h4[TiAb] AND ("acetylation"[MeSH Terms] OR "acetylation"[All Fields]) AND lys12[All Fields]

acetylation

"acetylation"[MeSH Terms] OR "acetylation"[All Fields]

9

6

0

H4K12 & acetylation

H4K12[All Fields] AND ("acetylation"[MeSH Terms] OR "acetylation"[All Fields])

acetylation

"acetylation"[MeSH Terms] OR "acetylation"[All Fields]

31

18

0

histone h4 k12 acetylation

("histones"[MeSH Terms] OR "histones"[All Fields] OR ("histone"[All Fields] AND "h4"[All Fields]) OR "histone h4"[All Fields]) AND k12[All Fields] AND ("acetylation"[MeSH Terms] OR "acetylation"[All Fields])

acetylation

"acetylation"[MeSH Terms] OR "acetylation"[All Fields]

histone h4

"histones"[MeSH Terms] OR "histones"[All Fields] OR ("histone"[All Fields] AND "h4"[All Fields]) OR "histone h4"[All Fields]

50

29

0


При получении списков статей после ввода запросов, затем очень помогала ссылка "Related citation", которая выдавала нам связанные статьи.

По мере поиска и добавления интересующих статей в коллекцию, сформировалась следующая коллекция
публикаций: Коллекция №1 (предварительная - 15 статей).

После отбора публикаций, наиболее отвечающих поставленной теме, мы получаем следующую коллекцию из
публикаций: Коллекция №2 (окончательная - 5 статей).


В Коллекции №1 также есть очень полезные нам статьи, но мы не используем их в обзорах из-за отсутствия полного текста.

3. Создание возможностей доступа к коллекциям публикаций

- заходим в "
My NCBI"

- в блоке "
Collections" для необходимых нам коллекций, переходим по ссылке "Private"

- указали для данной коллекции - "
Public"

- скопировали полученные ссылки на наши коллекции

4. Информация о посттрансляционной модификации N6-acetyllysine в 12-м остатке гистона
H4 и об общем понятии слова "гистон"

Введение

Хромосомная ДНК упакована в компактную структуру с помощью специализированных белков. Все ДНК-связывающие белки эукариот подразделяются на два класса: гистоны - структурные белки эукариотических хромосом и негистоновые хромосомные белки . Комплекс обоих классов белков с ядерной ДНК эукариотических клеток называется хроматином . Гистоны являются уникальной характеристикой эукариот и присутствуют в огромных количествах на клетку (около 60 миллионов молекул каждого типа на клетку).

Гистоны - относительно небольшие белки с очень большой долей положительно заряженных аминокислот (лизина и аргинина); положительный заряд помогает гистонам крепко связываться с ДНК (которая заряжена сильно отрицательно) независимо от ее нуклеотидной последовательности. Возможно, гистоны только изредка диссоциируют от ДНК и таким образом, вероятно, оказывают влияние на любой процесс, происходящий на хромосомах.

Пять типов гистонов распадаются на две главных группы - нуклеосомные гистоны и Н1 гистоны .

Гистоны образуют семейство высококонсервативных основных белков, которые разделяются на пять больших классов, названных H1 , H2A , H2B , H3 и H4 . Гистоны H1 более крупные (около 220 аминокислот) и оказались менее консервативными в ходе эволюции. Гистон H1 сильно обогащен остатками Lys, для гистонов H2A и H2B характерно умеренное содержание Lys, полипептидные цепи гистонов H3 и H4 богаты Arg. Внутри каждого класса гистонов (за исключением H4) на основании аминокислотных последовательностей различают несколько субтипов этих белков. Гистоны H3 и Н4 принадлежат к наиболее консервативным белкам. Такая эволюционная консервативность предполагает, что для функции данных гистонов важны почти что все их аминокислоты.

N- концевая часть данных гистонов может быть обратимо модифицирована в клетке за счет ацетилирования отдельных остатков лизина, что убирает положительный заряд лизинов.


Описание статей

Описание

Цитаты

Полный текст

3

Collaboration between the essential Esa1 acetyltransferase and the Rpd3 deacetylase is mediated by H4K12 histone acetylation in Saccharomyces cerevisiae.

Модификации гистонов, которые регулируют хроматин, зависят от процессов, катализируемых многочисленными комплексами. В Saccharomyces cerevisiae ферменты Esa1 и Rpd3 имеют противоположные ферментативные активности и являются каталитическими субъединицами различных модификаций хроматинового комплекса. Они играют ключевую роль в таких процессах, как регуляция транскрипции и репарации ДНК. Блокировка роста Esa1 происходила из-за нарушения Rpd3L, зависящего от 12-ого остатка гистона Н4 .

рисуночек 

Модель изображает важную роль Esa1 и Rpd3L в координации динамического ацетилирования H4K12. На рисунке (А): Esa1 и Rpd3L контролируют H4K12Ac для основной транскрипции, способствуя выживаемости и росту клеток. На рисунке (B): Esa1 и Rpd3L способствуют рДНК и теломерным глушителям. Эта связь проходит не только через H4K12Ac, но и через другие. Sir2 деацетилирование H4K16 происходит уже после действия Esa1 и Rpd3L. На рисунке (C): Esa1 и Rpd3S, но не Rpd3L, могут управлять ацетилированием в местах повреждения ДНК.

«Histone modifications that regulate chromatin-dependent processes are catalyzed by multisubunit complexes.»;

« In Saccharomyces cerevisiae, Esa1 and Rpd3 have opposing enzymatic activities and are catalytic subunits of multiple chromatin modifying complexes with key roles in processes such as transcriptional regulation and DNA repair.»;

«The suppression of esa1's growth defect by disruption of Rpd3L was dependent on lysine 12 of histone H4.»;

«A model depicting a critical role for Esa1 and Rpd3L in coordinating the dynamic acetylation of H4K12. (A) Esa1 and Rpd3L control H4K12Ac for general transcriptional targets contributing to cell viability and growth. (B) Esa1 and Rpd3L contribute to rDNA and telomeric silencing. This relationship is not mediated specifically through H4K12 acetylation, but likely through a number of other targets. Sir2 deacetylation of H4K16 appears downstream of the role for Esa1 and Rpd3L. (C) Esa1 and Rpd3S, but not Rpd3L, may control acetylation at sites of DNA damage.»

.pdf


4

K12-biotinylated histone H4 is enriched in telomeric repeats from human lung IMR-90 fibroblasts.

Ковалентные модификации гистонов играют важную роль в регуляции истощения теломер и клеточного старения. Биотинилирование остатков лизина (K) в гистонах при помощи holocarboxylase синтетазы (ЖКХ), является новым механизмом регулирования структуры хроматина и экспрессии генов. Биотинилирование K12 в гистоне H4 (H4K12bio) является маркером гетерохроматина. Предположили, что H4K12bio также обогащенный теломер. Для исследования мы взяли лёгочные фикобласты человека IMR-90 и умертвлённые гиперэкспрессивные клетки человека IMR-90 теломеразы (hTERT), чтобы изучить биотинилирование гистонов у молодых и стареющих клеток. Исследования показывают, что один из трех гистонов H4 молекул в теломерах - биотинилированный на K12 в клетках hTERT.

Обилие H4K12bio в теломерах снизилось на 42% на протяжении стареющих теломер в истощённых клетках IMR-90, избыточная экспрессия теломеразы предотвратила потерю H4K12bio. Возможно, вмешивающиеся факторы, такие как снижение экспрессии ЖКХ и биотин-перевозчики, были официально исключены из данного исследования. В совокупности эти данные свидетельствуют о том, что H4K12bio обогащается в теломерных повторах и представляют собой новый неизвестный эпигенетический знак о клеточном старении.

«Covalent modifications of histones play a role in regulating telomere attrition and cellular senescence. Biotinylation of lysine (K) residues in histones, mediated by holocarboxylase synthetase (HCS), is a novel diet-dependent mechanism to regulate chromatin structure and gene expression.»;

«…biotinylation of K12 in histone H4 (H4K12bio) is a marker for heterochromatin…»;

«…we hypothesized that H4K12bio is also enriched in telomeres»;

«We used human IMR-90 lung fibroblasts and immortalized IMR-90 cells overexpressing human telomerase (hTERT) in order to examine histone biotinylation in young and senescent cells.»

 «…studies suggest that one out of three histone H4 molecules in telomeres is biotinylated at K12 in hTERT cells.»;

«The abundance of H4K12bio in telomeres decreased by 42% during telomere attrition in senescent IMR-90 cells; overexpression of telomerase prevented the loss of H4K12bio. Possible confounders such as decreased expression of HCS and biotin transporters were formally excluded in this study. Collectively, these data suggest that H4K12bio is enriched in telomeric repeats and represents a novel epigenetic mark for cell senescence.»

.pdf


Заключение

Ознакомившись со всеми найденными статьями, подытожим результаты изучения посттрансляционной модификации N6-acetyllysine в 12-м остатке гистона H4.


Ацетилирование остатков лизина в N-концевых "хвостиках" (tails) гистона H4 (в нашем случае 12-ого остатка) нейтрализует его положительный заряд и соответственно блокирует ассоциацию с витками нуклеосомной ДНК. Это, в свою очередь, декомпактизует структуру как самой нуклеосомы , так и хроматина в целом и, кроме того, освобождает внешнюю поверхность витков ДНК для взаимодействий с регуляторными факторами.

Главная
Об авторе
Учебные семестры
Проекты автора
Друзья
Ссылки партнеров
Extra
Контакты


Главная Об авторе Учебные семестры Проекты автора Друзья Ссылки партнеров Extra Контакты

Mneff © 2011-2012