После того, как структура загрузится, надо нажать две кнопки:

1. Запустить скрипт:

2. Продолжить исполнение скрипта:

Text of the script for 1st task
Text of the script for 2nd task
Text of the script for 3rd task

Jmol output:



Задание 1

В белке(не включая РНК-овой части) 3247 атомов. Из них гидрофобное ядро составляют 776 атомов, что есть 23,89% от общего их количества.

Задание 2

a. Минимальное расстояние на котором расположены атомы, полностью покрывающие остаток фенилаланина, составляет 5 ангстрем.
b. Судя по всему, характерное расстояние между атомами составляет 5-6 ангстрем.
c. Расстояние между ценрами ядер в белке: 5-6 Ангстрем. Если принять для углерода универсальный Ван-дер-Ваальсов радиус за 1,8 Ангстрем (по Китайгордскому) то, по сути, между краямидвух углеродов остается 2,4 Ангстрема (до 3 Ангстрем для других атомов). Для кислорода Ван-дер-Ваальсов радиус 1,52 Ангстрем (по Китайгородскому), то бишь диаметр равен трем Ангстремам. А значит вода не влезет. Учитывая, что меньше чем у кислорода Ван-дер-Ваальсов радиус только у водорода, вероятно он мог бы влезть между атомами, но... Атомарный водород явление не частое.

Задание 3

Описываю увиденное: белок ассоциирован с ДНК некоторыми Α-спиралями. Они (спирали) заходят в большие бороздки нуклеиновой кислоты. Данный мне белок является регулятором транскрипции ДНК.Также, связанными с ДНК белками могут быть гистоны,разные ферменты, участвующие в транскрипции, репликации и других подобных процессах.

© Vladislav Gorbatenko 2015