Выравнивания мои выравнивания

Выравнивания последовательностей

Глобальное выравнивание

Ожидаемо, фактор инициации трансляции оказался достаточно консервативным. Фермент в лице дегликазы показал средний результат. А вот белок, отвечающий за ингибирование образования перегородки при делении, оказался крайне эволюционно лабильным. Вероятно, это можно объяснить тем, что ингибитору нужно всего лишь нужным образом связать белок, образующий септу, и не более.

Protein	ID1	ID2	Score	Identity	Similarity	Gaps	Indels
Fructoselysine-6-phosphate deglycase	FRLB_ECOLI	FRLB_BACSU	365,0	28,3%	42,9%	15,0%	9
Septum site-determining protein MinC	MINC_ECOLI	MINC_BACSU	49,5	13,2%	25,8%	52,6%	11
Translation initiation factor IF-2	IF2_ECOLI	IF2_BACSU	1703,0	40,2%	54,6%	20,6%	10

Локальное выравнивание

Protein	ID1	ID2	Score	Identity	Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Fructoselysine-6-phosphate deglycase	FRLB_ECOLI	FRLB_BACSU	365,5	29,7%	45,8%	10,3%	7	90,9%	96,6%
Septum site-determining protein MinC	MINC_ECOLI	MINC_BACSU	86,0	35,0%	58,3%	1,7%	1	26,0%	26,1%
Translation initiation factor IF-2	IF2_ECOLI	IF2_BACSU	1706,0	50,0%	68,0%	4,7%	7	78,8%	94,7%

Бессмысленные выравнивания

Такая огромная разница параметров глобального и локального выравниваний объясняется различием в длине белков (50 АК против 686 АК).
Alignment	ID1	ID2	Score	Identity	Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Global	HOKC_ECOLI (Toxic protein HokC)	CATE_BACSU (Catalase-2)	14,0	1,6%	2,6%	95,2%	4
Local	HOKC_ECOLI (Toxic protein HokC)	CATE_BACSU (Catalase-2)	24,0	40,0%	53,3%	0,0%	0	30,0%	2,2%

Множественное выравнивание

Для множественного выравнивания были выбраны белки с мнемоникой MINC, то есть определяющие положение перегородки бактериальные белки MinC, а именно:

MINC_ECOLI (Esherichia coli K-12)
MINC_BACSU (Bacillus subtilis 168)
MINC_VIBCM (Vibrio cholerae ser. 01)
MINC_NEIGO (Neisseria gonorrhoeae)
MINC_HELPJ (Helicobacter pylori)
MINC_PSEAE (Pseudomonas aeruginosa)
MINC_YERPE (Yersinia pestis)

Для выравнивания сначала в отдельный файл были сохранены последовательности выбранных белков в формате fasta. Далее выполнялось выравнивание программой muscle. После в JalView был загружен файл через URL, а сохранённый проект я импортировал обратно на kodomo через sftp.

И вот что получилось...

Выравнивание вышло хорошим для всех вышеперечисленных белков. В частности, нашлось 7 позиций, одинаковых для всех белков, и ещё около 30 позиций с похожими по свойствам аминокислотами у всех белков. Особенно консервативными оказались некоторые участки в начале последовательностей и протяжённый участок ближе к концу (примерно со 159 по 265 колонки).

Есть и участки, где у отдельных белков происходили крупные вставки: в 116-125 и 143-155 позициях у Pseudomonas aeruginosa, на С-конце у Bacillus subtilis, а на N-конце белка из Helicobacter pylori произошла крупная делеция.

Выравнивание по белкам CetZ

Protein	Tubulin-like protein
ID1	CETZ2_HALVD
ID2	CETZ_THEKO
Score	398,0
Identity	29,3%
Similarity	46,9%
Gaps	16,4%
Indels	13

Для выравнивания я выбрал изучаемый белок CetZ2 из Haloferax volcanii и белок из того же семейства CetZ из Thermococcus kodakarensis. В качестве выравнивания я выбрал глобальное, так как оно позволяет оценить, какие участки белков более консервативны.
Уровень схожести оказался высоким, параметры выравнивания сопоставимы с таковыми для фермента из пункта 1. Это хороший показатель с учётом того, что CetZ2 - цитоскелетный белок. Интересно отметить большое количество инделов, представленных одним-двумя аминокислотными остатками.