JMol круто
| # | Атом N | Атом O | Длина связи (А) | Угол N-H-O (°) |
|---|---|---|---|---|
| α-спирали | ||||
| 1 | N(14Ala, :c) | O(10Phe, :c) | 3,01 | 155,4 |
| 2 | N(13Phe, :c) | O(9Gln, :c) | 2,96 | 169,1 |
| 3 | N(7Phe, :b) | O(3Ser, :b) | 2,82 | 165 |
| 4 | N(184Phe, :f) | O(180Ala, :f) | 2,95 | 159,6 |
| 5 | N(25Asn, :b) | O(19Ala, :b) | 3,02 | 163,3 |
| β-тяжи | ||||
| 1 | N(167Asp, :c) | O(140Val, :c) | 3,1 | 160,8 |
| 2 | N(80Phe, :a) | O(143Thr, :a) | 2,94 | 162,4 |
| 3 | N(196Ile, :b) | O(170Ser, :b) | 2,87 | 161,8 |
| 4 | N(169Phe, :c) | O(142Phe, :c) | 2,98 | 153,7 |
| 5 | N(171Tyr, :c) | O(144Gly, :c) | 3,03 | 145,1 |
Средняя длина водородной связи в α-спиралях по результатам моих измерений составила 2,952А, а между β-складками - 2,984А. Средний угол N-H-O в α-спиралях составил 162,48 градусов, в β-листах - 156,76 градусов. Полученные длины водородных связей хорошо описываются фразой "чуть меньше 3 ангстрем", которая часто встречается в литературе. Углы связей довольно близки к 180 градусам, при которых энергия связи достигает максимума; отклонения на 20-40 градусов можно объяснить сложной геометрией белка и жёсткостью пептидных связей. По результатам дисперсионного анализа значимых различий в длинах и углах водородных связей в α-спиралях и β-слоях нет.