В сторону большой бороздки обращены атомы C4, O4, C5, C6, C7
В сторону малой бороздки обращены атомы C2, O2
| Форма ДНК | A | B | Z |
|---|---|---|---|
| тип спирали | правая | правая | левая |
| шаг спирали, А | 28,0 | 30,9 | 43,5 |
| оснований/виток | 11 | 9 | 12 |
| большая бороздка, А | 17,0 | 17,5 | 23,5 |
| фосфаты | 14, 30 | 6, 31 | 6, 30 |
| малая бороздка, А | 8,0 | 13,7 | 20,1 |
| фосфаты | 5, 30 | 6, 40 | 18, 30 |
Стебли образуются нуклеотидами:
501-507,567-573 (акцепторный);
550-554,562-566;
527-534,537-545;
510-513,523-526
Неканонические пары: 552U-564G, 556U-519G, 539A-533C, 545A-527G
Также программа analyze обнаружила следующие неканонические пары: 555U-559A, 537A-534U, 514A-508U, 515G-549C, хотя, судя по обозначениям нуклеотидов, они являются уотсон-криковскими. Была версия, что среди них прячутся нестандартные нуклеотиды вроде псевдоуридина, однако в последовательности 1j1u на сайте RCSB PDB псевдоуридина нет; в мануале пакета 3DNA сказано, что псевдоуридин обозначается как P; при визуализации в программе PyMOL данные нуклеотидные пары также выглядят стандартно, а поиск псевдоуридина командой select (1j1u/A/B/*/C5) within 3 of (1j1u/A/B/*/C1') не даёт результатов
UPD: неканоническими оказались паттерны водородных связей в этих парах
Дополнительные (нестеблевые) водородные связи:
556U-519G, 555U-559A, 514A-508U, 515G-549C, 520G-557C
