ЗАДАНИЕ 1. ПОСТРОЕНИЕ МОДЕЛЕЙ A-, B- И Z-ДНК
С помощью программы fiber пакета 3DNA были построены модели A-, B- и Z-форм ДНК.
Полученные структуры
ЗАДАНИЕ 2. СРАВНЕНИЕ ФОРМ ДНК
Для сравнения с экспериментальной структурой была выбрана A-форма ДНК, PDB ID 3V9D.
Для анализа положения атомов относительно бороздок был выбран цитозин DC9 цепи A.
В сторону большой бороздки обращены атомы
DC9:A.N3, DC9:A.C4, DC9:A.N4, DC9:A.C5.
В сторону малой бороздки обращены атомы
DC9:A.C2, DC9:A.O2, DC9:A.N1, DC9:A.C6.
Рис. 1. Цитозин. Красным отмечены атомы, обращённые в сторону большой бороздки, синим — в сторону малой бороздки.
Основные параметры A-, B- и Z-форм ДНК
| Параметр | A-форма | B-форма | Z-форма |
|---|---|---|---|
| Тип спирали | правая | правая | левая |
| Шаг спирали, Å | 28.0 | 33.8 | 43.5 |
| Число пар оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки, Å | 16.8 (B/DT35.P — A/DC8.P) | 17.2 (A/DA6.P — B/DC32.P) | 15.17 (A/DC10.P — B/DG11.P) |
| Ширина малой бороздки, Å | 8.0 (A/DG9.P — B/DA26.P) | 11.7 (B/DA30.P — A/DT15.P) | 9.87 (A/DC10.P — B/DG15.P) |
ЗАДАНИЕ 3. АНАЛИЗ СТРУКТУРЫ тРНК 1F7V
Упражнение 2. Стебли и водородные связи
С помощью программ find_pair и analyze пакета 3DNA была исследована структура тРНК 1F7V.
В структуре были определены следующие стебли:
| Стебель | Нуклеотиды |
|---|---|
| Акцепторный | 901–907 ↔ 966–972 |
| D-стебель | 910–913 ↔ 922–925 |
| Антикодоновый | 926–931 ↔ 939–944 |
| T-стебель | 949–953 ↔ 961–965 |
Неканонические пары оснований
3DNA обнаружил 9 неканонических пар оснований:
- PSU901 — A972
- U905 — G968
- 5MU954 — 1MA958
- PSU955 — G917
- A943 — PSU927
- A944 — M2G926
- C913 — C922
- A914 — U908
- A915 — U948
Дополнительная комплементарная пара
Кроме пар, входящих в стебли, была обнаружена дополнительная комплементарная пара:
G918 — C956.
Эта пара не относится к стеблям вторичной структуры и представляет собой дополнительный контакт, стабилизирующий третичную структуру тРНК.