Практикум 10

Задание 1

Я использовала BLAST для нахождения белков, гомологичных белку с ID AAC61259.1.

Параметры, которые я использовала:

Database: UniProtKB/Swiss-prot(swissprot)

Algorithm: blastp (protein-protein BLAST)

Max target sequence: 250

Expect threshold: 0.05

Word size:6

Matrix: BLOSUM62

Gap Costs: Existence: 11 Extencion: 1

Compositional adjustments: Conditional compositional score matrix adjustment

Filter:✓Low complexity regions

Mask:×

Так как в выравнивании есть участки с высоким уровнем сходства (178-190, 273-322, 368-377, 405-418, 452-469), мне кажется, все эти белки гомологичны.

Выравнивание

Текстовая выдача BLAST

Задание 2

Я выбрала полипротеин с ID POLN_ONNVS, AC O90368 из протеома O'nyong-nyong virus (strain SG650)

Этот полипротеин разрезается на несколько белков, из них я буду работать с mRNA-capping enzyme nsP1, координаты которого - 1-535

Судя по очень протяженному консервативному участку (3-472), эти белки гомологичны.

Выравнивание

Задание 3

Для белка из вируса сонной болезни (Sleeping disease virus) E-value изменилось с 1е-134 (для поиска по всем организмам) до 6е-136 (для поиска только по вирусам - viruses (taxid:10239) ).

Следовательно, количество вирусных белков в базе Swiss-Prot составляет (6e-136/1e-134)*100=6%.