Практикум 11

Задание 1

Я выбрала семейство доменов NACHT_sigma (PF17106), потому что NACHT на немецком означает ночь, а этот прак я делаю ночью. Формальные требования для семейства соблюдены.

Задание 2

Функция домена: неизвестна

ID: NACHT_sigma

AC: PF17106

full:180

seed:33

Architecture: 36

G9MXQ8_HYPVG (66 белков) F9G5Y8_FUSOF (33 последоваетльностей)

0 3D структур

Species distribution: 100 последовательностей, 41 вид грибов; 80 последовательностей, 36 видов эукариот (некатегоризированных)

DATE Wed Oct 13 09:05:41 2021

INSEQ 33

Задание 3

Карта локального сходства белков разной доменной архитектуры - G9MXQ8_HYPVG и F9G5Y8_FUSOF.

По графику видно, что произошел единственный эволюционный акт вставки/делеции небольшой длины. Последовательности остались очень близки.

Задание 4

позиция	1 группа	2 группа	3 группа	4 группа	5 группа
1-8	-			разнообразные ак (кроме одного белка)	преимущественно -
11-20	разнообразные ак			-	разнообразные ак
15 (подробнее)	F			преимущественно -	гидрофобные/полярные ак
19 (подробнее)	G			преимущественно -	преимущественно G
22 (подробнее)	D			разнообразные/-	разнообразные ак
42	N	A	-	преимущественно N	разнообразные ак

проект в Jalview

Задание 5

Ссылка на таблицу, в которой представлены все белки из Swiss-Prot, содержащие домен NACHT_sigma:

таблица