Практикум 9
Задание 1: Глобальное парное выравнивание гомологичных белков
Таблица 1. Характеристики глобального парного выравнивания трёх пар белков
| Protein Name |
ID 1 |
ID 2 |
Score |
% Identity |
% Similarity |
Gaps |
Indels |
| 50S ribosomal subunit assembly factor BipA |
BIPA_ECOLI |
BIPA_BACSU |
1746.0 |
53.9% |
74.0% |
5 |
2 |
| Chromosomal replication initiator protein DnaA |
DNAA_ECOLI |
DNAA_BACSU |
990.0 |
42.3% |
61.9% |
43 |
8 |
| Chemotaxis protein CheW |
CHEW_ECOLI |
CHEW_BACSU |
197.5 |
26.1% |
46.7% |
37 |
5 |
Задание 2: Локальное парное выравнивание гомологичных белков
Таблица 2. Характеристики локального парного выравнивания трёх пар белков
| Protein Name |
ID 1 |
ID 2 |
Score |
% Similarity |
% Identity |
Gaps |
Indels |
Coverage 1 |
Coverage 2 |
| 50S ribosomal subunit assembly factor BipA |
BIPA_ECOLI |
BIPA_BACSU |
1751.0 |
75.2% |
54.9% |
0 |
0 |
99.0%% |
98.2%% |
| Chromosomal replication initiator protein DnaA |
DNAA_ECOLI |
DNAA_BACSU |
994.0 |
63.5% |
43.6% |
33 |
7 |
97.2% |
98.4%% |
| Chemotaxis protein CheW |
CHEW_ECOLI |
CHEW_BACSU |
199.5 |
51.6% |
28.6% |
24 |
2 |
91.6% |
92.9%% |
Задание 3: Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам
Таблица 3. Характеристики глобального и локального парного выравнивания пары негомологичных белков
|
ID 1 |
ID 2 |
Score |
% Similarity |
% Identity |
Gaps |
Indels |
Coverage 1 |
Coverage 2 |
| needle |
BIPA_ECOLI |
DNAA_BACSU |
42.0 |
13.7% |
7.3% |
609 |
21 |
100% |
100% |
| water |
BIPA_ECOLI |
DNAA_BACSU |
56.0 |
37.3% |
19.4% |
85 |
15 |
44.3% |
45.7% |
В этом задании я сравнивала белки с ID BIPA_ECOLI и DNAA_BACSU.
Так как белки негомологичны, то значения покрытия, идентичности и схожести на порядок ниже, а число гэпов кратно выше.
Задание 4: Множественное выравнивание белков
- Для анализа я взяла семь белков с мнемоникой DNAA (Chromosomal replication initiator protein DnaA) из найденных 594:
- DNAA_BACSU (Bacillus subtilis (strain 168))
- DNAA_CHLAA (Chloroflexus aurantiacus (strain ATCC 29366 / DSM 635 / J-10-fl))
- DNAA_DEIRA (Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422))
- DNAA_ECOLI (Escherichia coli (strain K12))
- DNAA_SERMA (Serratia marcescens)
- DNAA_STRCO (Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145))
- DNAA_THET8 (Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8))
- Для вырванивания я использовала функцию Web Service-Alignment-Muscle with Defaults в программе Jalview
- Гиперссылка на файл с проектом Jalview.
- Судя по тому, что во второй половине выравнивании есть достаточно консервативные участки 332-540, 603-640, все семь последовательностей гомологичны. Это логично для белка "внутреннего хозяйства" связанного, с репликацией ДНК.