За код благодарю Георгия Муравьева

Практикум 7

В этом практикуме я обратилась к геному бактерии Acidaminococcus intestini, с которой уже работала в прошлом году. Из генбанка я скачала два файла: fasta-файл генома и список генов. С помощью сервиса Operon-mapper я получила файл, содержащий список оперонов. Далее я запустила скрипт Python, который создал три файла:

Материал обучения - 50 промоторов оперонов генов домашнего хозяйства

Материал тестирования

Материал отрицательного контроля - случайные последовательности генома той же длины (100 нуклеотидов)

MEME

Дальше я попросила MEME найти 3 мотива

meme housekeeping.fasta -dna -mod zoops -nmotifs 3 -minw 6 -maxw 50 -maxsites 50

Один из них (первый) очень похож на последовательность Шайна — Дальгарно, с ним я продолжила работать.

Выдача MEME в текстовом формате: meme.txt

FIMO

Я дважду запустила FIMO: сначала для материала тестирования, потом - для материала отрицательного контроля, чтобы поискать там мою последовательность

fimo --norc -motif GDAAGGAGG -thresh 0.001 meme.txt promotors.fasta

fimo --norc -motif GDAAGGAGG -thresh 0.001 meme.txt negative.fasta

Полученная выдача: promotors_fimo.tsv, negative_fimo.tsv

Среди промоторов я получила 717 находок, среди отрицательного контроля - 28.