Практикум 8

Задание 1.

Для этого практикума я выбрала домен PF09239, который является бета-субъединицей топоизомеразы VI. Его seed содержит 67 последовательностей, выравнивание которых вы можете увидеть здесь.

Я открыла этот файл в Jalview и, установив порог Identity Threshold равный 100%, определила консервативный мотив R[YF][AV]N[RK].PL, встречающийся в 66 последовательностях из 68.

Далее я выполнила поиск этого мотива с помощью ресурса MyHits. Выдача состояла из 32 белков, все из которых являлись бета-субъединицей топоизомеразы VI. Видимо, этот мотив является важным для работы этого фермента и хорошо описывает этот класс белков.

Задание 2

На основании выравнивания было построено дерево алгоритмом NJ. В получившемся дереве я выбрала кладу, выделенную темно-синим цветом и включающую 13 последовательностей

Для этой ветви я уточнила мотив до RFANRVPL.YQ[QR]G[GA]C[AV][IT][TV].{33,37}PFT.ESKDA. Если выполнить поиск по этому мотиву, то находятся только 13 искомых последовательностей, то есть он специфичен для этой клады

Задание 3

Для работы с PSI-BLAST я выбрала AC C4Z088. Результаты последовательных запусков приведены в таблице.

Номер итерации	Число находок выше порога (0,005)	Идентификатор худшей находки выше порога	E-value этой находки	Идентификатор худшей находки выше порога	E-value этой находки
1	162	Q2P036.1	0.004	Q5F5V4.1	0.005
2	188	O25693.2	2e-09	-	-
3	188	O25693.2	2e-11	A7H8E6.1	0.012
4	188	Q9ZM51	5e-13	A7H8E6.1	0.016

Уже после второго запуска количество находок перестало увеличиваться, а разница между худшей находкой выше порога и лучше находкой ниже составила 9 порядков на третьей итерации. Это говорит о том, что группа белков достаточно хорошо обособлена.