Выравнивания выравниваний

Отличия между выравниваниями

С помощью программы muscle и её опции - profile -in1 "filename1" -in2 "filename" ,было получено множественное выравнивание множественного, глобального и локального выравниваний RL4_BACSU и RL4_ECOLI. Результат приведён ниже в виде jalview проекта.

Jalview проект

Локальное выравнивание (water) отличается от глобального (needle) и множественного (muscle) только длиной. Глобалное от множественного отличается в начале. Демонстрация этих отличий приведена на скриншоте ниже.

Отличия между выравниваниями
muscle
needle
water

Некроторые различия из скриншота приведены ниже:

Muscle: P(2) - M(1) | Needle: P(2) - gap

Muscle: V(4) - L(3) | Needle: V(4) - M(1)

Muscle: A(14) - gap | Needle: A(14) - A(11)

Изходя из результата, глобальное выравнивание получилось достовернее множественного, так как глобальное выравнивание сделало более верное соответствие аминокислотных остатков, чем множественное.